在全市工商系统实施重点课题研究工作，是重庆市工商局在工商行政管理改革发展中的一项重大举措。近年来，经过不断的改革探索，重点课题的研究质量和研究水平提升到一个新的水平和档次，出现了一批有分量、有影响力、有较高实用价值的理论研究成果。如“重庆商标品牌战略研究”入选全市深入学习科学发展观活动30个重点调研项目：“内陆开放型经济研究”得到总局研究中心的高度评价。并报总局领导参阅：“推进工商行政管理‘四化’长效机制建设研究”在2008年12月济南专题研究会上受到总局研究中心的充分肯定。为促进重点课题研究的新突破，更好地为我市经济社会发展和工商系统科学决策、规范监管、创新体制提供有力的支撑和服务，2009年重庆市工商局对重点课题研究实施了更进一步的改革探索。
　　
　　一、宽进严出。确保质量
　　
　　2009年实施重点课题研究的基本思路是实行“低门槛、高质量、严验收、促转化”的原则。市局处室和各区县局申报的课题原则上由原申报单位承担，让全系统都积极参与重点课题研究，努力形成百花竞开的理论研究氛围。但在鉴定中严格把关，鉴定结果由原4级(通过、修改后通过、修改后重新申请鉴定、不予通过)改为3级(通过、修改后重新申请鉴定、不予通过)。对研究不深入，研究质量不高。不符合鉴定要求的研究课题将不予通过，对通过鉴定的重点课题，按照市局《重点课题研究成果转化应用办法》，实施研究成果转化应用。
　　
　　二、指向明确，重视实证研究
　　
　　进一步突出实证研究，努力使研究成果服务于我市社会经济的发展和工商行政管理改革发展的实际，实现课题研究工作的前瞻性、指导性和应用性，推动重点课题研究出成果，出精品，高质量，有深度。加大对重点课题研究成果的推广应用，建立理论成果转化机制。在重点课题研究的层级上，市局处室承担的重点课题研究方向主要围绕市委、市政府及社会关注的有关工商行政管理的焦点、难点、热点问题进行研究：区县局承担的重点课题研究方向主要围绕当地党委、政府的中心工作、重点工作和基层工商改革发展最迫切需要解决的问题进行调查研究，
　　
　　三、科学鉴定，实行淘汰制
　　
　　鼓励各单位积极开展重点课题研究工作，对自行申报的课题都纳入2009年的重点课题安排计划。在重点课题研究工作中引入“赛马”竞争机制，以质量为本，参考研究成果转化运用的实际，在公开、公平、公正的基础上，建立使用较为科学的评价标准和方法，在次年的鉴定工作中，把通过鉴定的重点课题数量原则上控制在一定范围之内。被鉴定小组鉴定为“通过”的重点课题，由市局全额拨付研究经费；鉴定为“修改后重新申请鉴定”的重点课题，由区县局自行解决研究经费，数额不得超过所承担的重点课题研究经费的三分之一，并且不纳入重点课题研究成果的转化应用范围，
　　
　　四、运用是关键，突出理论研究成果的转化
　　
　　对通过鉴定的重点课题要积极促进其推广和宣传，鼓励理论研究成果成为各级领导层决策参考的依据：鼓励优秀理论研究成果被市级以上主流媒体特别是核心刊物采用：鼓励理论研究成果的实际运用，形成新政策、新举措。市局设立成果转化应用评审委员会。在次年底展开认定，按照《重点课题研究成果转化应用办法》，对重点课题转化应用情况进行评价。认定委员会根据研究成果转化的程度，分别认定为一级转化、二级转化、三级转化和未获得认定。对审定通过的项目颁发《成果转化项目认定证书》。对理论研究成果转化项目实施过程中被认定为有突出贡献的研究成果转化项目可适当增加转化工作经费。
　　
　　五、保证经费，统一开支
　　
　　2009年安排下达47个重点课题，基础研究经费与研究成果转化工作经费捆绑使用，一级重点课题研究经费和研究成果转化工作经费每个各为0.75万元(合计1.5万元)，二级重点课题研究经费和研究成果转化工作经费每个各为0.4万元(合计0.8万元)。通过鉴定的课题，由市局同意拨付研究经费，并进行成果转化，根据不同的转化程度，给予相应的转化工作经费。