【摘 要】
：
本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02％,平均每9.00kb出现1个位点.单核苷酸重复类型占优势,占总EST
【机 构】
：
贵州大学,生命科学学院,贵阳,550025;贵州大学,农业生物工程研究院,山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室,贵阳,550025;贵州省果树科学研究所,贵阳,550006
论文部分内容阅读
本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02％,平均每9.00kb出现1个位点.单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59％,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4％和14.04％;其它特性重复类型数量较少,所占比例均不足1％.二核苷酸重复基元类型中以AG/CT、AC/GT为优势重复基元,分别占总SSR位点数目的25.37％和2.02％;三核苷酸重复基元类型以AAG/CCT为主,占总SSR位点数目的3.13％.设计合成125对EST-SSR引物,并随机选取8份形态学差异明显的火龙果种质提取基因组DNA,进行PCR扩增,采用琼脂糖凝胶电泳和10％聚丙烯变性凝胶电泳检测方法对引物进行初步检测,筛选出32对扩增条带锐利清晰的引物.选取38份火龙果种质对筛选出的引物进行多态性检测,获得16对多态性较好的引物,共扩增出47个多态性位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)范围为0.243～0.667,平均多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.459,平均观测等位基因数(number of alleles,Na)为3,平均香农信息指数(Shannon's information index,I)为0.891;利用引物C31931、C13719和C32141等8种引物组合可以有效区分38份火龙果种质,构建其DNA的EST-SSR指纹图谱;UPGMA聚类分析,以0.62为阈值,可将38份火龙果种质分为3类:第一类包括红肉与粉红肉种质,第二类为白肉种质,第三类为蛇鞭柱属的2个种质.本研究基于火龙果转录组测序序列开发了一批具有高度多态性潜力的SSR引物,该引物可有效地将38份火龙果种质区分开来.因此,基于火龙果转录组测序开发的EST-SSR标记,可为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源.
其他文献
由中华医学会航空航天医学分会主办的全国第六次航空航天医学学术会议将于 2 0 0 2年 6月 2 6～2 9日在浙江宁波市召开。本次会议共收到应征论文 2 1 9篇 ,经专家评审组采用双
[目的]研究水稻积累的总氮素在不同形态氮素间分配的品种间差异及其与品种氮素利用间的关系。[方法]在2005年晚季和2006年早季,分别以30个代表性水稻品种为试验材料进行大田
为了明确开放式空气CO浓度增高(FACE)对水稻磷素动态的影响,借助目前国内唯一的FACE技术平台,以武香粳14为供试品种,设置不同施N量处理,研究大气CO浓度高于对照200μmol.mol
天府花生品种是四川盆地主要的花生栽培品种,为明确各品种间的遗传和变异,我们对天府花生骨干亲本伏花生和罗江鸡窝及其37份衍生品种进行了表型性状考察及SSR引物扩增.14个表
10月12日,由广东省政府主办的“广东省纪念中国加入世贸组织十周年大会暨开放、发展、创新高层研讨会”在深圳举行。广东省副省长招玉芳、中国常驻世界贸易组织代表团大使易
每年,人类都将新合成数以千计的化学物质用于生产、生活,并最终排放到环境当中,其中,许多化学物质可能具有遗传毒性。如何对这些物质进行监测和评价是一项十分艰难而重要的
目的 了解我部战士的营养状况。方法 采用 3d膳食称量法进行膳食调查 ,按标准方法进行体格检查 ,并随机抽取 2 6 3名战士进行血红蛋白、血钙、血铁、尿维生素C的测定。结果
为了评定不同水稻基因型对1,2,4-三氯苯(TCB)的耐性强弱,确定合适的筛选指标和筛选浓度,采用发芽试验和砂培水稻幼苗的方法,先以0(对照)mmol/Kg沙、0.35mmol/Kg沙和3mmol/Kg
探索不同类型小麦氮效率差异是小麦分类栽培措施确定的依据之一。试验于2000年至2002年在扬州选用5个不同类型小麦品种,通过不同类型小麦氮肥运筹调控试验,研究小麦优质高产
以四个不同基因型小麦品种(弱筋小麦扬麦13、中筋小麦淮麦18、强筋小麦烟2801、糯小麦扬0369)为材料,研究小麦籽粒淀粉及组分含量、淀粉粒形态、粘度特性以及相关酶活性的差