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目的 评估宏基因二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)在开颅术后中枢神经系统感染诊断中的应用.方法 纳入2020年4月至2021年4月福建医科大学附属泉州第一医院共48例开颅术后疑似中枢神经系统感染的患者,即时留取脑脊液.所有患者均完善脑脊液常规检查、生化检查、细菌培养和mNGS,待全部患者明确是否合并中枢神经系统感染后回顾性评估细菌培养方法、mNGS对中枢神经系统感染诊断的效果.结果 共31例患者临床诊断颅内感染,其中23例脑脊液mNGS测序阳性,细菌培养阳性10例.两种检验方法Kappa值为0.375、P=0.002.mNGS检测方法诊断效能高于细菌培养:脑脊液mNGS测序诊断术后颅内感染的灵敏度74.2％、特异度94.1％、阳性预测值95.8％、阴性预测值66.7％、约登指数68.3、曲线下面积0.842(95％CI:0.725～0.958,P<0.05);细菌培养的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、约登指数、曲线下面积分别为32.3％、94.1％、90.9％、43.2％、26.4、0.632(95％CI:0.474～0.790,P=0.134);两种检测方法曲线下面积经过Delong检验,结果显示差异有统计学意义(Z=4.139,P<0.05).结论 mNGS与细菌培养检验手段相比,有助于开颅术后中枢神经系统感染早期诊断.