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高等院校内部审计是其内设的审计机构从内部对其财务收支的真实性、合法性和效益性进行的审计监督。本文介绍了内部审计的概念、国内外现状与发展，剖析了高等院校内部审计的特点，比较了传统的内部审计与基于信息技术的内部审计，分析了信息技术在内部审计中的重要作用，提出了基于信息技术的高等院校内部审计的实现架构，对实现普通高等院校和高职高专院校内部审计的信息化具有一定的指导意义。