基于数据非依赖性扫描(Data-independent acquisition,DIA)的定量分析蛋白质组学已广泛应用于生命科学和临床蛋白质组学研究.本研究选择3种蛋白质组学研究常见的轨道阱(Orbitrap)质谱仪(Q Exactive Plus、Q Exactive HF-X和Orbitrap Fusion Lumos)进行DIA定量分析性能的比较.针对每台质谱仪建立了相应的DIA定量分析方法,采用商业化的Hela酶切肽段、去除高丰度蛋白质的血浆样品和已知比例的血浆和酵母混合样品评价每台质谱仪的蛋白质组覆盖深度、定量分析的重现性、准确性和精密度.在100 ng Hela酶切肽段样品中,采用60 min梯度洗脱,每台质谱仪定量分析34000～37000条多肽和4400个蛋白质,蛋白质强度变异系数的中位数低于5％,可同时被3台质谱仪定量分析的多肽和蛋白数量比例分别为81％和96％.在去除高丰度蛋白质的血浆样品中,采用60 min梯度洗脱,每台质谱仪定量分析4400～5100条多肽和550～620个蛋白质,其蛋白质强度变异系数的中位数低于5％,可同时被3台质谱仪定量分析的多肽和蛋白比例分别为64％和80％.在已知比例的混合样品中,每台质谱仪可定量分析260～297个血浆蛋白质和2210～2436个酵母蛋白质,定量分析的精密度和差异蛋白质发现的数目相当.经过质谱仪批次效应归一化,合并分析3台质谱仪蛋白质定量分析数据,Hela和血浆样品蛋白质强度的变异系数的中位数分别为5％和6％;已知比例的混合样品定量分析的准确度、精密度和差异蛋白质发现数目与单台质谱性能相当.本研究结果为使用多台Orbitrap质谱仪同时进行大样本的DIA定量分析提供了参考.