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利用相似规则、互补规则和分子识别理论建立一种氨基酸数字编码模型用于研究序列特征、功能预测。给出一种新的基于元胞自动机的蛋白质序列图像生成方法，其优点是考虑了氨基酸前后的相互作用，生成的图像与基因序列一一对应，许多隐藏在蛋白质序列中的重要特性通过元胞自动机图可以表现出来。基于蛋白质元胞自动机图所得到的蛋白质伪氨基酸成分，蛋白质亚细胞定位预测成功率可以达到86．4％。