基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析

来源 :江苏农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：seed_weed1

【摘要】

：

为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析

【作者】

：

周军永陆丽娟刘茂朱淑芳仇鹏辉孙其宝

【机构】

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安徽省农业科学院园艺研究所

【出处】

：

江苏农业科学

【发表日期】

：

2019年4期

【关键词】

：

枣转录组 SSR SNP 特征分析

【基金项目】

：

安徽省农业科学院院长青年创新基金(编号:16B0306);科技部科技基础性工作专项(编号:2012FY110100);安徽省一般性转移支付科技项目“黄营灵枣新品种选育及配套技术研究与应用”“玉铃铛枣节本优质绿色生产技术研究与应用”

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为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明:转录组数据共获得了226488条contig序列,其中有42570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共

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