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本文针对直扩通信中的时变幅度线性调频干扰，提出了一种基于分数阶Fourier变换的干扰抑制算法。该算法利用两个角度的分数阶Fourier功率谱和拟Newton迭代法进行参数估计，并在参数估计的基础上，采用分数阶Fourier域干扰分离法进行干扰抑制。与基于二维搜索参数估计的干扰抑制算法相比，该算法在保证干扰抑制性能的前提下，大大缩减了计算量。仿真结果表明，该算法可以在较大干信比范围内有效抑制时变幅度线性调频干扰。