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对未知受体结构的药物设计其主导方法CoMFA来说,柔性目标分子的多种构象造成了问题的复杂性.本文介绍交叉验证参数R2(q2)引导的构象选择CoMFA方法,选择化合物的最佳构象.将一组47个HIV-1 RT抑制剂进行有、无构象选择的CoMFA分析来作评价.根据化合物的活性、毒性、选择性指数(毒性/活性比)等实验数据构建得到的模型,其交叉验证参数q2为0.7以上,非交叉验证的相应参数为O.94以上,最后,还经过试验集化合物验证该模型的预测能力,置信度(1-a)>0.99.