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为弥补16S rDNA在细菌分类应用中的不足,人们应用了一些编码重要蛋白的看家基因作为系统分类的分子标记。蛋白编码基因具有分辨能力强、准确度高、与基因组一致性好等优点,在近缘菌株的鉴别中效果突出,与其他分类标记结合使用则能够取得更加出色的成效。同时,介绍蛋白编码基因在细菌分类和相关技术中的应用情况,并对这一工具的发展前景作展望。