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基于叶绿体trnL-F序列单独分析以及trnL-F和rbcL序列联合分析重建了木通科的分子系统发育，本研究的系统发育拓扑结构与覃海宁和塔赫他间的族划分系统非常一致。猫儿屎族和串果藤族在系统发育树上位于本科的基部，由分布于南美的勃奎拉藤属和拉氏藤属组成的拉氏藤族得到了trnL-F序列分析（100％）和联合序列分析（99％）的很好支持，木通族在两个分析里都得到了100％的靴带支持率，新建立的长萼木通属在trnL-F树上嵌套在木通属内；然而，在联合分析的树上，它与木通属形成姐妹群并得到很高的支持率，在系统发育上