进入2021年之后，面对屡屡刷新单日记录的新冠肺炎重症人数、确诊人数和病床使用率，菅义伟内阁不得不于1月7日再度对首都圈的东京都和埼玉、千叶、神奈川三县实行暂定一个月的“紧急状态”。
　　日本自2020年1月15日首次出现确诊新冠病例，到10月29日（即历时九个半月后）达到确诊10万例。进入11月后出现“第三波疫情”冲击，确诊病例大增，到12月20日，即不足两个月，确诊病例就突破20万例。日本这个抗疫初期大体上的“优等生”，一定程度上变成了东亚抗疫的反面教材。激增的确诊病例让日本医疗体制处于最高的“窘迫”阶段，感染警戒水平也处于最深刻的“感染正在扩大”阶段。在这一波疫情冲击下，菅义伟内阁饱受诟病，不得不于2020年12月14日在首相官邸召开新型冠状病毒感染症对策总部会议，表示全国在当月28日至2021年1月11日期间统一暂停“去旅游”（Go To Travel）政策。随后，开工不过三个多月的菅义伟内阁的支持率也应声下跌，前景难料。

启动“去旅游”的时间非常不好

　　在新冠疫情第一波冲击下，安倍政府于2020年4月7日发布紧急状态宣言。实施紧急状态将对日本经济造成巨大冲击，日本政府因此制定了以刺激观光旅游消费、提振日本经济为目的的经济刺激政策——“去旅游”。2020年4月7日通过了预算额高达108万亿日元的“新冠疫情感染症紧急经济对策”，其中有16794亿日元被充作刺激旅行、餐饮、购物的“去旅游”补贴。
　　这一措施当时在国会审议之际，就有声音认为新冠疫情何时结束尚无法看清，不应该大规模采取刺激措施。但安倍政府的表态颇为乐观。5月25日，日本全面解除紧急状态，当时日本疫情正如安倍所说“基本得到控制”。但此后形势迅速变化，日本国家治理就显得相对滞后。实施“去旅游”时已是7月22日，此时日本疫情严重反复，东京都确诊病例连续日增破百。这等于说“去旅游”是在日本疫情持续扩大时开启的。四个在野党在7月15日一致提出要求“去旅游”延期，立宪民主党党首指出，如果因此而感染扩大，“就是政府造成的人祸”。这本是一次政治发难，不幸却预言成真。
　　菅义伟新政府施政的一大亮点即直指日本行政体制改革，希望打破国家治理的纵向条块分割局面。但“去旅游”政策本身就是典型的纵向分割的产物，观光、旅游、餐饮行业原本应与国民及在日外国人的健康和生命权构成一体，形成综合性政策，结果却成了“经济优先、抗疫第二”，并且很大程度上转为彰显政府提振经济的强力措施，甚至演变成为略带行政命令的政策：“去远的地方旅游，必须出门花钱去，拯救旅游业。”启动国内人员大规模流动虽在短期内刺激日本经济大幅反弹，但也成为更为猛烈的第三波疫情的直接推手，可谓得不偿失。

停止“去旅游”冲击日本国家治理

　　2020年11月25日，日本厚生大臣西村康稔意识到日本防疫态势已十分严峻，呼吁短时间内全力应对疫情扩大，“未来三周定胜负”。进入12月之后，日本各地确诊人数陆续创下新高，重症患者也不断刷新纪录，造成医疗现场接受病患的能力十分紧张，“在病床和医务人员都无法迅速得到增加的情况下，各地已经出现无法兼顾新冠诊疗和普通医疗服务的情况”。面对第三波疫情，在这三周里，日本政府已经处于失败局面。菅义伟不得不对“去旅游”按下了全国暂停键，且很可能无法重启。同时变异新冠病毒又在日本频频出现，菅义伟内阁决定从2020年12月28日至2021年1月底“暂停批准外国人入境”;2021年1月7日又不得不再度对首都圈一市三县实行“紧急状态”。三者叠加，影响极大，日本国家治理面临严峻的新形势挑战，呈现出缺乏弹性的一面。
　　“日本抗疫模式”遭遇重大挫折。日本政府一直在标榜抗击疫情的“日本模式”，即把疫情造成的死亡人数控制在很低水平。这个模式可追溯到2020年2月25日制定的“新冠病毒感染症对策的基本方针”，明确指出“防止传染的策略，首先是在传染初期加以控制，尽可能地抑制患者的增加速度，控制传播速度，尽可能将症状重发患者控制在最小限度内，最大限度地减少对社会和经济的冲击”。恰恰是这种模棱两可的说辞，造成日本在近一年的抗疫过程中，形成“生命vs经济”“专家vs政治家”“左派vs右派”的严重对立，并极大地消耗了日本国家抗疫力量。日本也成为东亚各国确诊人数最多的国家，“日本模式”实际已折戟沉沙，迫使菅义伟必须对目前的抗疫模式做出重大调整。

　　复工复产也遇严重挫折。“去旅游”被按下暂停键之后，刚有起色的旅游、餐饮行业必将再遭重创，且目前来看重启“去旅游”困难重重。在还不确定日本能否在2021年1月开始进行疫苗接种、同时又缺乏治疗新冠病毒的特效药物的情况下，菅内阁也无法确保重启“去旅游”不会再度遭遇同样的“失败”，因此很难在踩下刹车之后再踩油门。面对严峻的经济形势，日本政府可以实行的刺激经济的备选项只剩下减税和“撒现金”两种方式。早在疫情暴发之初就有人提出削减重要财政收入的消费税，但遭到日本财务省的强烈抵制而作罢，而“撒现金”已经实施过两轮，刺激经济的边际效应递减已十分明显。
　　菅义伟内阁前途多桀。在第三波疫情冲击下，日本政坛也出现了政局大变动的迹象。首先是首相对自民党的控局出现弱化现象。菅义伟作为“无派系”出身的首相，通过平衡自民党内各大派系的权力分配獲得上位，其中十分重要的是获得自民党干事长二阶俊博支持。但二阶俊博已经担任日本全国旅行业协会会长近30年之久，也是“去旅游”政策的重要政治推手，二阶派的部分议员对菅义伟突然做出暂停“去旅游”的决定极为恼火。该政策时间拖延愈久，日本国内观光旅游、餐饮行业团体对二阶派的施压愈将与日俱增，这必将对菅义伟平衡、控制好自民党局势的能力造成巨大冲击。其次是内阁支持率急剧下滑。12月14日菅义伟宣布暂停“去旅游”之时，还在新冠病毒感染症对策分科会上要求日本民众避免“五人以上聚餐”，不过他自己却带头违反，与15人左右的经济界人士聚会;以及他在网络节目中，带着很无所谓、自嘲方式的自我介绍，令日本民众对菅义伟的批评纷至沓来。根据民意调查，菅义伟在上台之初支持率曾高达60%～70%，但到12月下旬已急剧下跌至39%。自民党内部分议员也对首相发出极为不满的声音：“菅义伟作为官房长官是称职的，但不适合担任首相。”很显然，上台不过三个多月的菅义伟内阁，背负的国家治理老“包袱”过重，已然出现了短命内阁的末期迹象，日本政坛部分势力甚至已经在张罗着“后菅义伟时代”。
　　地方政府无所适从。在2010年12月20日召开的日本全国知事在线会议上，各地知事希望中央政府能够尽早制定2021年1月12日之后的方针。鉴于“去旅游”对整体经济的刺激效果较为明显，相当部分的地方知事希望能够实行逐步放开防疫局势较好地区的柔性应对措施。部分知事对中央政府下令全国暂停“去旅游”明确表达了强烈不满，称“恣意更改方针造成基层混乱”。可见，面对“第三波疫情”的到来，日本政府没能很好地理顺中央与地方的政策衔接，也没能处理好防疫与恢复经济的平衡关系。