【摘 要】
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为解析紫苏的叶绿体全基因组结构和功能,研究采用REPuter、MISA、CodonW和Prep-Cp软件分析了紫苏叶绿体基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性,并对RNA编辑位点进行了预测
【基金项目】
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山西省基础研究计划项目(201801D121204),山西农业大学国家自然科学基金培育项目(2017GPY06),山西农业大学科技创新基金项目(2018yz003)
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为解析紫苏的叶绿体全基因组结构和功能,研究采用REPuter、MISA、CodonW和Prep-Cp软件分析了紫苏叶绿体基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性,并对RNA编辑位点进行了预测。结果显示,对紫苏叶绿体基因组中大于300 bp的59条CDS序列检测分析得到60个重复序列,多以F和P形式存在,且主要分布于LSC区和IRA区,与光合作用和rRNA编码有关;44个SSR位点主要分布于IGS区,其中,单碱基重复序列占比最多,为63.64%;由相对同义密码子使用度(RSCU)确定了31个高频密码子,以
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