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东北基地群
从总体看，美军所占有的日本基地呈现出由北向南逐次增加的趋势，这主要是冷战期间出于安全考虑，美军不愿生活在拥有强大战术打击能力的苏联武装力量的炮口下（就如同今天驻韩美军不想当朝鲜炮兵的“人质”）。就日本最靠近俄罗斯的北海道而论，那里最重要的基地当属横跨千岁市和苫小牧市的航空自卫队千岁基地（北纬42度48分30.97秒，东经141度39分27.31秒），该基地在1959年之前归美军管辖，到了1975年，基地内的所有美军设施都被裁撤。不过根据2006年5月美签署的《驻日美军整编路线图》规定，2007年开始实施飞机训练搬迁计划（Aviatio，Training Relocation，ATR），美军飞机在千岁基地有为期一周的训练安排，以熟悉高纬度寒带地区的作战环境。和一般的日美联合训练不同，ATR计划是在日本防卫省地方防卫局（原防卫设施局）管理下实施的，最近的一次训练是2013年的8月5日至7日，从岩国航空站飞来的美国海军陆战队第232战斗机中队（VMFA-232）的F/ A-18C参加了训练。
另外，北海道还有千岁演习场、别海矢臼别演习场、上富良野演习场、鹿追然别演习场、旭川金文台演习场、名寄演习场等自卫队设施，其中有一部分是由美军和自卫队共同管理。
三泽
位于本州东北部青森县的三泽基地（北纬40度42分36.08秒，东经141度22分8.07秒）堪称美国对日军事占领的象征，那里有军民两用机场，主要驻扎部队（Host Unit）是由基地司令斯蒂芬·C·威廉姆斯（Stephe，C. Williams）上校指挥的美国空军第35战斗机联队（35FW），它下辖第35行动大队（35OG）、第35任务支援大队（35MSG）、第35维修大队（35MXG）和第35医疗大队（35MDG），其中第35行动大队辖有第13（13FS，绰号“豹”）、14（14FS，绰号“武士”）战斗机中队，各装备18架F-16CM战斗机。据最新消息，美军确实有把第35联队与驻韩国群山基地的第8联队（8FW）合并的想法，两者均装备F-16CM战斗机，且都突出对地攻击，美军设想形成“三泽—群山基地连线”，实现东北亚地区的快速反应体系，但受日韩糟糕的外交关系影响，该计划迄今进展不大。
三泽还是美国重要的海军航空站（NAF），第7、5舰队预警侦察部队（CPRF7F5F）下辖的第72任务部队第4任务大队（TG72.4，又名“日本空中巡逻大队”）司令部就设置于此。不过，由于从美国本土和夏威夷派来的P-3C反潜巡逻机大部分派驻嘉手纳，留在三泽的飞机变得越来越少。虽然装备EA-18G“咆哮者”电子攻击机的美国海军第132战术电子战中队（VAQ-132，绰号“蝎子”）就部署在三泽，但他们只是以航空航天远征部队（AEF）名义轮换驻扎三泽，并非长期部署。
三泽基地以北有天之森靶场（北纬40度52分2.98秒，东经141度22分56.58秒），另外与三泽形成犄角之势的青森县车力分屯基地（北纬40度59分5.13秒，东经140度21分25.32秒，就在日本海沿岸）是日本空自第21、22高射群（防空部队）的基地，里面还有美国空军通信所，2006年，美国陆军在此安装战区高空防御系统（THAAD）所配备的X波段雷达——AN/TPY-2，从而形成完整的战备训练与早期预警体系。此外，在本州东北部还有几处日本陆上自卫队演习场以及一些由美国陆军和海军陆战队共同管理的设施，如青森县的弘前演习场、青森小谷演习场，岩手县的岩手山中演习场，山形县的神町演习场，宫城县的大和王城寺原演习场等。
横田
日本关东地区是继冲绳之后美军设施最多的地区，特别是在东京、神奈川、千叶、琦玉等首都圈地区，美军设施就多达30余处，其中规模最大的当属地跨多个市、区的横田基地（北纬35度44分53.78秒，东经139度20分54.24秒），主要驻扎部队是由马克·R·布兹·奥古斯特（Mark R.“Buzz” August）上校指挥的第374空中运输联队（374AW），基地内还设有驻日美国空军第5航空队（5AF）司令部，其司令萨尔托瓦雷·安赫莱利亚（Salvatore A.“SAM”Angelella）中将还兼任驻日美军（USFJ）总司令的职务。需要指出的是，日本空自也在横田配属相当数量的单位，尤其是2013年3月26日空自航空总队司令部完成向横田基地的搬迁，通过新成立的日美联合行动协调中心（Bilateral and Joint Operations Coordinatio，Center），使日美联合作战成为可能。
第374空中运输联队下辖第374行动大队（374OG）、第374任务支持大队（374MSG）、第374维修大队（374MXG）队（459AS，绰号“东方快车”，配备4架UH-1N“双休伊”运输直升机和3架C-12J“休伦湖”运输机）。横田除了有美国空军和日本空自部队，还设有美国海岸警卫队远东活动据点（FEACT），经常有海岸警卫队的飞机进出。而且根据因1950年朝鲜战争生效的《“联合国军”地位协定》，横田还与冲绳嘉手纳、普天间基地一起被指定为“联合国军”航空基地，英国、法国、加拿大、澳大利亚、新西兰等国军机也可使用这些基地。
厚木
处于神奈川县大和市、绫濑市之间的厚木（北纬35度27分23.91秒，东经139度26分40.25秒）是关东地区规模仅次于横田基地的航空基地，尤其作为美国海军第5航母舰载机联队（CVW-5）的母基地而广受关注。美国第7舰队航母“华盛顿”号以距厚木基地30千米远的横须贺为母港，而统管其舰载机的就是第5联队。另外，第7、第5舰队预警侦察部队（CPRF7F5F）的第72任务部队（TF72）司令部也设置于此，第7、第5舰队预警侦察部队司令马修·J·卡特（Matthew J. Carter）少将还兼任前方舰队航空部队（CFAF）司令。
按照美国海军习惯，基地司令和主要驻扎部队司令不会安排同一个人，像厚木海军航空站现任司令是斯特文·J·维埃曼（Steve，J. Wieman）上校，而第5航母舰载机联队现任司令却是米切尔·伯伊勒（Michael E. Boyle）上校，副司令则是有日本人血统的威廉·S·小山（William S. Koyama）上校。
第5航母舰载机联队是美国海军唯一所属战斗机中队全部装备F/A-18E/F战斗攻击机的飞行联队，下辖第27（VFA-27，绰号“皇家神锤”，配备F/A-18E Block1）、115（VFA-115，绰号“老鹰”，配备F/A-18E Block2）、195（VFA-195，绰号“水坝克星”，配备F/A-18E Block2）、102（VFA-102，绰号“响尾蛇”，配备F/ A-18F Block2）战斗攻击机中队，还有一个以F/A-18F为基础设计的电子攻击机——EA-18G“咆哮者”电子攻击机中队，即第141电子战中队（VAQ-141，绰号“影子之鹰”）。需要强调的是，第27中队的F/A-18E Block1战斗机服役最早，所搭载的还是APG-73机械扫描式雷达，近期准备换装搭载有源相控阵雷达（AESA）的F/A-18E Block2战斗机，这意味着整个第5联队成为全部搭载AESA雷达的联队，这在美国海军中尚属首次。
除了上述战斗攻击机中队外，第5联队还下辖第115空中预警中队（VAW-115，绰号“自由钟声”，装备E-2C“鹰眼-2000”预警机），第14直升机反潜中队（HS-14，绰号“充电器”，装备SH-60F、HH-60H反潜直升机），另外还有两架隶属于第30舰队后勤支援中队（VRC-30）的C-2A“灰狗”运输机，它们以第30舰队后勤支援中队（VRC-30）第5分遣队（Det.5）的形式受第5联队的指挥。
有消息称，出于进一步加强对亚太热点地区实施快速反应的需要，第5联队的战斗攻击机中队计划于2014年移防至岩国，但考虑到驻日美军整编进度大幅度迟滞，这种移防在2016年前很难实现。
横须贺
目前，配备“华盛顿”号航母的美国海军前沿部署部队（FDNF）就待在神奈川县横须贺基地（北纬35度17分3.17秒，东经139度39分56.71秒），由于“华盛顿”号核动力航母将于2016年展开换料综合大修（RCOH），届时会有别的航母接替。
横须贺设有美国第7舰队（C7F）司令部，旗舰是“蓝岭”号指挥舰，下辖9个任务部队（TF），驻横须贺的有以“华盛顿”号为核心的第7舰队战斗部队（CTF70），由协助第7舰队战斗部队（CTF70）作战的水面战舰组成的第7舰队水面战斗部队（CTF75），以及由攻击核潜艇组成的第7舰队潜艇部队（CTF74）等。横须贺基地面向杜鲁门湾的西侧是航母和水面战舰的泊位，其中第12号泊位最大，航母经常在此停靠。在最北侧则是6号干船坞，可修理航母这样的大型战舰，而规模较小的1-5号干船坞在位于西南方面向横须贺湾的港区内，这一港区被称为舰船修理设施（SRF），拥有世界一流的修理能力。
第7舰队战斗部队的核心是第5航母战斗群（CSG-5），它包括“华盛顿”号航母及其第5航母舰载机联队，提康德罗加级宙斯盾巡洋舰“考彭斯”号（CG-63）和“夏洛”号（CG-67）。第7舰队水面战斗部队由第15驱逐舰中队（DESRON-15）下辖的7艘伯克级宙斯盾驱逐舰构成，分别是“柯蒂斯·威尔伯”号（DDG-54）、“约翰·S·麦凯恩”号（DDG-56）、“费兹杰罗”号（DDG-62）、“斯特塞姆”号（DDG-63）、“拉森”号（DDG-82）、“麦坎贝尔”号（DDG-85）和“马斯廷”号（DDG-89），自“拉森”号（DDG-82）往后的3艘采用Flight IIA构型，拥有容纳两架SH-60B或MH-60R直升机的机库。在上述9艘宙斯盾舰中，“夏洛”号可发射战斧巡航导弹，而采取Flight IIA构型的三艘舰是拥有协同作战能力（CEC）的防空舰，剩下的5艘装备宙斯盾反导系统，可拦截弹道导弹，其中“夏洛”号装备最新的基线4.0.1版本的宙斯盾系统，担负作战协调舰的职责，而攻击则由另外4艘装备基线3.6.1版本系统的驱逐舰负责。
横须贺附近还有很多基地附属设施，其中最重要的是瑞穗码头（北纬35度28分3.64秒，东经139度38分52.76秒），它通常被称为“横滨北码头”，由美国陆军军事地面部署与配送司令部（SDDC）管辖。该码头还设有军事海运司令部（MSC）的远东分部，其所属的“观察岛”号导弹观测船经常在此停靠。另外，SDDC设在神奈川县的相模综合补给仓库（通称“相模补给总库”）原系旧日本陆军的相模兵工厂，就分布在16号国道沿线。 神奈川县还有一处美国陆军设施，名为座间兵营，其内设有美国陆军第1军前方司令部（北纬35度29分23.76秒，东经139度23分45.88秒）。在座间兵营西北角有一个580米长的短跑道机场——卡斯特纳机场，其内部署有第78航空大队A中队（A/78AvnBn）的5架UH-60A“黑鹰”直升机。值得玩味的是，座间的UH-60A和横田的UH-1N都是用来将美军高官送往东京都中心地区参加高级别会议的“空中的士”，而位于东京都港区的赤坂新闻中心（北纬35度39分47.63秒，东经139度43分31.88秒，，通称“麻布兵营”），是东京都中心地区唯一的美军基地。
与横须贺隔东京湾相望的木更津（北纬35度23分30.73秒，东经139度54分46.98秒，位于千叶县木更津市），也是美军重要的基地。根据日美地位协定，木更津名义上是日本陆自的屯驻地，但实际管理却是美国海军说了算，由于横须贺基地地面只够直升机起降，无法从横须贺起飞的飞机可搭乘驳船经海运到达木更津，然后再从那里起飞中转。
其他的美军设施还有位于东京都小笠原村硫磺岛的海自硫磺岛航空基地，第5航母舰载机联队在那里进行舰载机陆地着舰训练（FCLP）。在富士山下的自卫队富士演习场中，有一块地方是美国海军陆战队富士兵营（北纬35度19分13.66秒，东经138度52分20.11秒）所在地。
岩国
本州岛的关东以西地区的美军基地数量很少，其中最大最有名的当属山口县岩国的美国海军陆战队航空站（北纬34度8分50.86秒，东经132度13分45.01秒），那里因美军MV-22B“鱼鹰”旋翼机的到来而一时间声名远播，不过MV-22B不会部署在岩国。岩国的“主人”是美国海军陆战队第12航空联队（MAG-12），司令是克里斯托弗·J·马厄利（Christopher J. Mahoney）上校，装备F/A-18C/D战斗机，该联队有一个中队是永久性调动（PCS）过来的，它就是第242全天候战斗攻击机中队（VMFA-242，绰号“蝙蝠”），还有两个中队根据部队部署计划（UDP）每半年到岩国轮防一次，即第232中队（VMFA-232，绰号“红魔”）和第225中队（VMFA-225，绰号“维京”）。此外，岩国航空站还是美国海军第25直升机中队第6分遣队（HCS-25 Det.6）返回母基地（关岛）途中的前沿基地，该分遣队是被派往以九州佐世保为母港的两栖攻击舰执行任务的。
佐世保
渡过关门海峡来到九州，那里有著名的佐世保海军基地（北纬33度10分1.78秒，东经129度42分55.91秒），主基地分为司令部、立神港区和干船坞区等3个部分，那里虽然归日本海自主要使用，但美军也有使用权，美国第7舰队的两栖舰艇往往停泊在立神港区的系船池里，而航母由于吃水原因只能停在港外。目前，第7舰队两栖部队（CTF76）的司令部就在佐世保，下辖第7远征打击群（ESC-7），该打击群司令部设在黄蜂级两栖攻击舰“好人理查德”号（LHD-6）上，下辖克里夫兰级船坞运输舰“丹佛”号（LPD-9），惠德贝岛级船坞登陆舰“日耳曼城”号（LSD-42）和“托尔图加”号（LSD-46）。上文提到的“蓝岭”号指挥舰也属于第7舰队两栖部队，但由于它还担负第7舰队旗舰的任务，就得以横须贺为母港了。此外，第7舰队两栖部队还辖有3艘复仇者级扫雷舰，它们均驻扎佐世保。
九州还有美日共同管理的大分县日出生台演习场，被指定为ATR计划搬迁落户地的福冈县筑城基地、宫崎县新田原基地。日美双方还研究把鹿儿岛县种子岛町的马毛岛（北纬30度45分15.49秒，东经130度51分14.86秒）定为第5航母舰载机联队的舰载机陆地着舰训练机场（FCLP）。
白滩与普天间
如果驻佐世保的美军第7远征打击群要携带兵员执行任务，那么舰艇必然会先南下冲绳，驶进冲绳县宇流麻市的白滩军港（北纬26度18分1.83秒，东经127度54分40.65秒），把驻冲绳县金武町汉森兵营（北纬26度27分28.54秒，东经127度54分54.17秒）的美国海军陆战队第31远征分队（31MEU）运载上舰，才能继续出击。而屡屡惹出事端的普天间航空站（北纬26度16分22.96秒，东经127度45分21.21秒）又恰恰是第31远征分队的空中作战分队（ACE）的“老巢”，可以说，两者构成美军干预亚太事务的“支点”。
当前，普天间的主要用户是美国海军陆战队第36航空大队（MAG-36），下辖3个永久性调动（PCS）来的飞行中队，分别是装备KC-130J运输加油机的第152加油运输中队（VMGR-152，绰号“相扑”），装备CH-46E直升机的第262（HMM-262，绰号“飞虎”）、265中型直升机中队（HMM-265，绰号“飞龙”）。需要指出的是，第262、265中队因换装MV-22B旋翼机而更名为中型倾转旋翼机中队（VMM）。目前，“好人理查德”号两栖舰便搭载了第262中队的“鱼鹰”机，但特意补充了CH-53E多用途直升机、AH-1W武装直升机等，提高了战场突击能力，所以第262中队往往被称为“增强型飞行中队”（Rein HMM）。
从美军的角度看，普天间机场搬迁的折腾让其不胜其烦，其实他们也很想解套。据报道，美日除了设想把普天间航空站合并到嘉手纳基地外，还决定在那霸机场（北纬26度11分55.36秒，东经127度38分32.91秒）填海造地增加跑道，并研究使用现有的伊江岛（北纬26度43分50.97秒，东经127度45分27.86秒）和下地岛（北纬24度49分38.77秒，东经127度8分53.59秒）机场顶替普天间的方案。
嘉手纳
位于冲绳主岛的嘉手纳（北纬26度 21分18.36秒，东经127度46分3.57秒）是美国在远东最大的空军基地，主要驻扎部队是第18作战群（18WG），外加隶属第55作战群的第82侦察机中队（82RS，装备RC-135V/W侦察机），隶属空军特种作战司令部（AFSOC）的第353特种作战大队（353SOG），美国海军第7舰队警戒侦察部队（CTF-72）下辖的“冲绳空中巡逻大队”（CTG72.2）的P-3C反潜机和第1电子战中队（VQ-1）的EP-3侦察机也在嘉手纳，2014年还要部署崭新的P-8A反潜巡逻机。
美国空军第18作战群现有两个F-15C/D战斗机中队，即第44（44FS，绰号“吸血鬼”）、67（67FS，绰号“斗鸡”）中队，未来准备换装F-35A联合战斗机。此外，第18作战群还辖有第961空中指挥中队（961AACS，绰号“太平洋之眼”，装备两架E-3B/C预警机）、第909空中加油中队（909ARS，绰号“幼虎”，装备15架KC-135R加油机）和第33救援中队（33RQS，装备8架HH-60救援直升机）。美国空军第353特种作战大队辖有第1特种作战中队（1SOS，装备MC-130H特战运输机）和第17特种作战中队（17SOS，装备有MC-130P特战加油机），未来还将获编一个CV-22B“鱼鹰”运输机中队。嘉手纳北临美国陆军基地鸟居站，那里有美国陆军第1特种作战群（1SFG）的一个营，基于联合作战的要求，一旦美国空军装备CV-22B后，住在附近的美国陆军特战营就能“近水楼台先得月”，可以CV-22B展开特战训练。
冲绳还有近50处美军训练场或靶场。美国陆军名下的有宇流麻市浮原岛训练场（北纬26度18分4.09秒，东经127度59分30.68秒）和津坚岛训练场（北纬26度15分39.15秒，东经127度56分43.08秒），但这些地方多数时间由美军陆战队使用，可进行丛林战、两栖战、巷战等训练。美国空军管辖有几个岛，用来进行射击投弹训练，其中有岛尻郡久米岛町的久米岛靶场（北纬26度20分56.90秒，东经126度52分22.50秒）、鸟岛靶场（北纬26度35分40.30秒，东经126度49分51.28秒），岛尻郡渡名喜村的出砂岛靶场（北纬26度23分8.43秒，东经127度6分9.04秒）。美国海军也有一些用于舰炮射击的靶场，其中最有名的是岛尻郡南大东村的冲大东岛靶场（北纬24度28分4.50秒，东经131度11分19.65秒）。让人气愤的是，日本非法霸占的中国固有领土钓鱼岛（日本称“尖阁诸岛”）居然也存在美国海军靶场的身影，像黄尾屿（日本称“久场岛”）就被美日私相授受，划出面积不小的投弹靶场（北纬25度55分24.65秒，东经123度40分56.25秒）。
日本国内已传出新的声音，那就是位于冲绳考特尼兵营（北纬26度23分32.92秒，东经127度51分29.22秒）的美国海军陆战队第3远征军（IIIMEF）司令部搬到关岛后，嘉手纳以南的美军设施都要交给日本政府，如此一来，嘉手纳以南的美国海军陆战队第1航空联队（1MAW）司令部所在地瑞庆览兵营（北纬26度17分59.35秒，东经127度45分49.88秒）、桑江兵营（北纬26度18分58.92秒，东经127度45分47.53秒）、牧港补给区（北纬26度15分28.99秒，东经127度42分15.01秒）、那霸港湾设施（北纬26度12分29.62秒，东经 127度39分55.76秒）等都将“不保”。专家担心，美军故意让出嘉手纳以南的冲绳防务，将使得日本在钓鱼岛以及东海方向的军事冒险行为更加大胆，对东亚局势容易产生“不可控危机”。
从总体看，美军所占有的日本基地呈现出由北向南逐次增加的趋势，这主要是冷战期间出于安全考虑，美军不愿生活在拥有强大战术打击能力的苏联武装力量的炮口下（就如同今天驻韩美军不想当朝鲜炮兵的“人质”）。就日本最靠近俄罗斯的北海道而论，那里最重要的基地当属横跨千岁市和苫小牧市的航空自卫队千岁基地（北纬42度48分30.97秒，东经141度39分27.31秒），该基地在1959年之前归美军管辖，到了1975年，基地内的所有美军设施都被裁撤。不过根据2006年5月美签署的《驻日美军整编路线图》规定，2007年开始实施飞机训练搬迁计划（Aviatio，Training Relocation，ATR），美军飞机在千岁基地有为期一周的训练安排，以熟悉高纬度寒带地区的作战环境。和一般的日美联合训练不同，ATR计划是在日本防卫省地方防卫局（原防卫设施局）管理下实施的，最近的一次训练是2013年的8月5日至7日，从岩国航空站飞来的美国海军陆战队第232战斗机中队（VMFA-232）的F/ A-18C参加了训练。
另外，北海道还有千岁演习场、别海矢臼别演习场、上富良野演习场、鹿追然别演习场、旭川金文台演习场、名寄演习场等自卫队设施，其中有一部分是由美军和自卫队共同管理。
三泽
位于本州东北部青森县的三泽基地（北纬40度42分36.08秒，东经141度22分8.07秒）堪称美国对日军事占领的象征，那里有军民两用机场，主要驻扎部队（Host Unit）是由基地司令斯蒂芬·C·威廉姆斯（Stephe，C. Williams）上校指挥的美国空军第35战斗机联队（35FW），它下辖第35行动大队（35OG）、第35任务支援大队（35MSG）、第35维修大队（35MXG）和第35医疗大队（35MDG），其中第35行动大队辖有第13（13FS，绰号“豹”）、14（14FS，绰号“武士”）战斗机中队，各装备18架F-16CM战斗机。据最新消息，美军确实有把第35联队与驻韩国群山基地的第8联队（8FW）合并的想法，两者均装备F-16CM战斗机，且都突出对地攻击，美军设想形成“三泽—群山基地连线”，实现东北亚地区的快速反应体系，但受日韩糟糕的外交关系影响，该计划迄今进展不大。
三泽还是美国重要的海军航空站（NAF），第7、5舰队预警侦察部队（CPRF7F5F）下辖的第72任务部队第4任务大队（TG72.4，又名“日本空中巡逻大队”）司令部就设置于此。不过，由于从美国本土和夏威夷派来的P-3C反潜巡逻机大部分派驻嘉手纳，留在三泽的飞机变得越来越少。虽然装备EA-18G“咆哮者”电子攻击机的美国海军第132战术电子战中队（VAQ-132，绰号“蝎子”）就部署在三泽，但他们只是以航空航天远征部队（AEF）名义轮换驻扎三泽，并非长期部署。
三泽基地以北有天之森靶场（北纬40度52分2.98秒，东经141度22分56.58秒），另外与三泽形成犄角之势的青森县车力分屯基地（北纬40度59分5.13秒，东经140度21分25.32秒，就在日本海沿岸）是日本空自第21、22高射群（防空部队）的基地，里面还有美国空军通信所，2006年，美国陆军在此安装战区高空防御系统（THAAD）所配备的X波段雷达——AN/TPY-2，从而形成完整的战备训练与早期预警体系。此外，在本州东北部还有几处日本陆上自卫队演习场以及一些由美国陆军和海军陆战队共同管理的设施，如青森县的弘前演习场、青森小谷演习场，岩手县的岩手山中演习场，山形县的神町演习场，宫城县的大和王城寺原演习场等。
横田
日本关东地区是继冲绳之后美军设施最多的地区，特别是在东京、神奈川、千叶、琦玉等首都圈地区，美军设施就多达30余处，其中规模最大的当属地跨多个市、区的横田基地（北纬35度44分53.78秒，东经139度20分54.24秒），主要驻扎部队是由马克·R·布兹·奥古斯特（Mark R.“Buzz” August）上校指挥的第374空中运输联队（374AW），基地内还设有驻日美国空军第5航空队（5AF）司令部，其司令萨尔托瓦雷·安赫莱利亚（Salvatore A.“SAM”Angelella）中将还兼任驻日美军（USFJ）总司令的职务。需要指出的是，日本空自也在横田配属相当数量的单位，尤其是2013年3月26日空自航空总队司令部完成向横田基地的搬迁，通过新成立的日美联合行动协调中心（Bilateral and Joint Operations Coordinatio，Center），使日美联合作战成为可能。
第374空中运输联队下辖第374行动大队（374OG）、第374任务支持大队（374MSG）、第374维修大队（374MXG）队（459AS，绰号“东方快车”，配备4架UH-1N“双休伊”运输直升机和3架C-12J“休伦湖”运输机）。横田除了有美国空军和日本空自部队，还设有美国海岸警卫队远东活动据点（FEACT），经常有海岸警卫队的飞机进出。而且根据因1950年朝鲜战争生效的《“联合国军”地位协定》，横田还与冲绳嘉手纳、普天间基地一起被指定为“联合国军”航空基地，英国、法国、加拿大、澳大利亚、新西兰等国军机也可使用这些基地。
厚木
处于神奈川县大和市、绫濑市之间的厚木（北纬35度27分23.91秒，东经139度26分40.25秒）是关东地区规模仅次于横田基地的航空基地，尤其作为美国海军第5航母舰载机联队（CVW-5）的母基地而广受关注。美国第7舰队航母“华盛顿”号以距厚木基地30千米远的横须贺为母港，而统管其舰载机的就是第5联队。另外，第7、第5舰队预警侦察部队（CPRF7F5F）的第72任务部队（TF72）司令部也设置于此，第7、第5舰队预警侦察部队司令马修·J·卡特（Matthew J. Carter）少将还兼任前方舰队航空部队（CFAF）司令。
按照美国海军习惯，基地司令和主要驻扎部队司令不会安排同一个人，像厚木海军航空站现任司令是斯特文·J·维埃曼（Steve，J. Wieman）上校，而第5航母舰载机联队现任司令却是米切尔·伯伊勒（Michael E. Boyle）上校，副司令则是有日本人血统的威廉·S·小山（William S. Koyama）上校。
第5航母舰载机联队是美国海军唯一所属战斗机中队全部装备F/A-18E/F战斗攻击机的飞行联队，下辖第27（VFA-27，绰号“皇家神锤”，配备F/A-18E Block1）、115（VFA-115，绰号“老鹰”，配备F/A-18E Block2）、195（VFA-195，绰号“水坝克星”，配备F/A-18E Block2）、102（VFA-102，绰号“响尾蛇”，配备F/ A-18F Block2）战斗攻击机中队，还有一个以F/A-18F为基础设计的电子攻击机——EA-18G“咆哮者”电子攻击机中队，即第141电子战中队（VAQ-141，绰号“影子之鹰”）。需要强调的是，第27中队的F/A-18E Block1战斗机服役最早，所搭载的还是APG-73机械扫描式雷达，近期准备换装搭载有源相控阵雷达（AESA）的F/A-18E Block2战斗机，这意味着整个第5联队成为全部搭载AESA雷达的联队，这在美国海军中尚属首次。
除了上述战斗攻击机中队外，第5联队还下辖第115空中预警中队（VAW-115，绰号“自由钟声”，装备E-2C“鹰眼-2000”预警机），第14直升机反潜中队（HS-14，绰号“充电器”，装备SH-60F、HH-60H反潜直升机），另外还有两架隶属于第30舰队后勤支援中队（VRC-30）的C-2A“灰狗”运输机，它们以第30舰队后勤支援中队（VRC-30）第5分遣队（Det.5）的形式受第5联队的指挥。
有消息称，出于进一步加强对亚太热点地区实施快速反应的需要，第5联队的战斗攻击机中队计划于2014年移防至岩国，但考虑到驻日美军整编进度大幅度迟滞，这种移防在2016年前很难实现。
横须贺
目前，配备“华盛顿”号航母的美国海军前沿部署部队（FDNF）就待在神奈川县横须贺基地（北纬35度17分3.17秒，东经139度39分56.71秒），由于“华盛顿”号核动力航母将于2016年展开换料综合大修（RCOH），届时会有别的航母接替。
横须贺设有美国第7舰队（C7F）司令部，旗舰是“蓝岭”号指挥舰，下辖9个任务部队（TF），驻横须贺的有以“华盛顿”号为核心的第7舰队战斗部队（CTF70），由协助第7舰队战斗部队（CTF70）作战的水面战舰组成的第7舰队水面战斗部队（CTF75），以及由攻击核潜艇组成的第7舰队潜艇部队（CTF74）等。横须贺基地面向杜鲁门湾的西侧是航母和水面战舰的泊位，其中第12号泊位最大，航母经常在此停靠。在最北侧则是6号干船坞，可修理航母这样的大型战舰，而规模较小的1-5号干船坞在位于西南方面向横须贺湾的港区内，这一港区被称为舰船修理设施（SRF），拥有世界一流的修理能力。
第7舰队战斗部队的核心是第5航母战斗群（CSG-5），它包括“华盛顿”号航母及其第5航母舰载机联队，提康德罗加级宙斯盾巡洋舰“考彭斯”号（CG-63）和“夏洛”号（CG-67）。第7舰队水面战斗部队由第15驱逐舰中队（DESRON-15）下辖的7艘伯克级宙斯盾驱逐舰构成，分别是“柯蒂斯·威尔伯”号（DDG-54）、“约翰·S·麦凯恩”号（DDG-56）、“费兹杰罗”号（DDG-62）、“斯特塞姆”号（DDG-63）、“拉森”号（DDG-82）、“麦坎贝尔”号（DDG-85）和“马斯廷”号（DDG-89），自“拉森”号（DDG-82）往后的3艘采用Flight IIA构型，拥有容纳两架SH-60B或MH-60R直升机的机库。在上述9艘宙斯盾舰中，“夏洛”号可发射战斧巡航导弹，而采取Flight IIA构型的三艘舰是拥有协同作战能力（CEC）的防空舰，剩下的5艘装备宙斯盾反导系统，可拦截弹道导弹，其中“夏洛”号装备最新的基线4.0.1版本的宙斯盾系统，担负作战协调舰的职责，而攻击则由另外4艘装备基线3.6.1版本系统的驱逐舰负责。
横须贺附近还有很多基地附属设施，其中最重要的是瑞穗码头（北纬35度28分3.64秒，东经139度38分52.76秒），它通常被称为“横滨北码头”，由美国陆军军事地面部署与配送司令部（SDDC）管辖。该码头还设有军事海运司令部（MSC）的远东分部，其所属的“观察岛”号导弹观测船经常在此停靠。另外，SDDC设在神奈川县的相模综合补给仓库（通称“相模补给总库”）原系旧日本陆军的相模兵工厂，就分布在16号国道沿线。 神奈川县还有一处美国陆军设施，名为座间兵营，其内设有美国陆军第1军前方司令部（北纬35度29分23.76秒，东经139度23分45.88秒）。在座间兵营西北角有一个580米长的短跑道机场——卡斯特纳机场，其内部署有第78航空大队A中队（A/78AvnBn）的5架UH-60A“黑鹰”直升机。值得玩味的是，座间的UH-60A和横田的UH-1N都是用来将美军高官送往东京都中心地区参加高级别会议的“空中的士”，而位于东京都港区的赤坂新闻中心（北纬35度39分47.63秒，东经139度43分31.88秒，，通称“麻布兵营”），是东京都中心地区唯一的美军基地。
与横须贺隔东京湾相望的木更津（北纬35度23分30.73秒，东经139度54分46.98秒，位于千叶县木更津市），也是美军重要的基地。根据日美地位协定，木更津名义上是日本陆自的屯驻地，但实际管理却是美国海军说了算，由于横须贺基地地面只够直升机起降，无法从横须贺起飞的飞机可搭乘驳船经海运到达木更津，然后再从那里起飞中转。
其他的美军设施还有位于东京都小笠原村硫磺岛的海自硫磺岛航空基地，第5航母舰载机联队在那里进行舰载机陆地着舰训练（FCLP）。在富士山下的自卫队富士演习场中，有一块地方是美国海军陆战队富士兵营（北纬35度19分13.66秒，东经138度52分20.11秒）所在地。
岩国
本州岛的关东以西地区的美军基地数量很少，其中最大最有名的当属山口县岩国的美国海军陆战队航空站（北纬34度8分50.86秒，东经132度13分45.01秒），那里因美军MV-22B“鱼鹰”旋翼机的到来而一时间声名远播，不过MV-22B不会部署在岩国。岩国的“主人”是美国海军陆战队第12航空联队（MAG-12），司令是克里斯托弗·J·马厄利（Christopher J. Mahoney）上校，装备F/A-18C/D战斗机，该联队有一个中队是永久性调动（PCS）过来的，它就是第242全天候战斗攻击机中队（VMFA-242，绰号“蝙蝠”），还有两个中队根据部队部署计划（UDP）每半年到岩国轮防一次，即第232中队（VMFA-232，绰号“红魔”）和第225中队（VMFA-225，绰号“维京”）。此外，岩国航空站还是美国海军第25直升机中队第6分遣队（HCS-25 Det.6）返回母基地（关岛）途中的前沿基地，该分遣队是被派往以九州佐世保为母港的两栖攻击舰执行任务的。
佐世保
渡过关门海峡来到九州，那里有著名的佐世保海军基地（北纬33度10分1.78秒，东经129度42分55.91秒），主基地分为司令部、立神港区和干船坞区等3个部分，那里虽然归日本海自主要使用，但美军也有使用权，美国第7舰队的两栖舰艇往往停泊在立神港区的系船池里，而航母由于吃水原因只能停在港外。目前，第7舰队两栖部队（CTF76）的司令部就在佐世保，下辖第7远征打击群（ESC-7），该打击群司令部设在黄蜂级两栖攻击舰“好人理查德”号（LHD-6）上，下辖克里夫兰级船坞运输舰“丹佛”号（LPD-9），惠德贝岛级船坞登陆舰“日耳曼城”号（LSD-42）和“托尔图加”号（LSD-46）。上文提到的“蓝岭”号指挥舰也属于第7舰队两栖部队，但由于它还担负第7舰队旗舰的任务，就得以横须贺为母港了。此外，第7舰队两栖部队还辖有3艘复仇者级扫雷舰，它们均驻扎佐世保。
九州还有美日共同管理的大分县日出生台演习场，被指定为ATR计划搬迁落户地的福冈县筑城基地、宫崎县新田原基地。日美双方还研究把鹿儿岛县种子岛町的马毛岛（北纬30度45分15.49秒，东经130度51分14.86秒）定为第5航母舰载机联队的舰载机陆地着舰训练机场（FCLP）。
白滩与普天间
如果驻佐世保的美军第7远征打击群要携带兵员执行任务，那么舰艇必然会先南下冲绳，驶进冲绳县宇流麻市的白滩军港（北纬26度18分1.83秒，东经127度54分40.65秒），把驻冲绳县金武町汉森兵营（北纬26度27分28.54秒，东经127度54分54.17秒）的美国海军陆战队第31远征分队（31MEU）运载上舰，才能继续出击。而屡屡惹出事端的普天间航空站（北纬26度16分22.96秒，东经127度45分21.21秒）又恰恰是第31远征分队的空中作战分队（ACE）的“老巢”，可以说，两者构成美军干预亚太事务的“支点”。
当前，普天间的主要用户是美国海军陆战队第36航空大队（MAG-36），下辖3个永久性调动（PCS）来的飞行中队，分别是装备KC-130J运输加油机的第152加油运输中队（VMGR-152，绰号“相扑”），装备CH-46E直升机的第262（HMM-262，绰号“飞虎”）、265中型直升机中队（HMM-265，绰号“飞龙”）。需要指出的是，第262、265中队因换装MV-22B旋翼机而更名为中型倾转旋翼机中队（VMM）。目前，“好人理查德”号两栖舰便搭载了第262中队的“鱼鹰”机，但特意补充了CH-53E多用途直升机、AH-1W武装直升机等，提高了战场突击能力，所以第262中队往往被称为“增强型飞行中队”（Rein HMM）。
从美军的角度看，普天间机场搬迁的折腾让其不胜其烦，其实他们也很想解套。据报道，美日除了设想把普天间航空站合并到嘉手纳基地外，还决定在那霸机场（北纬26度11分55.36秒，东经127度38分32.91秒）填海造地增加跑道，并研究使用现有的伊江岛（北纬26度43分50.97秒，东经127度45分27.86秒）和下地岛（北纬24度49分38.77秒，东经127度8分53.59秒）机场顶替普天间的方案。
嘉手纳
位于冲绳主岛的嘉手纳（北纬26度 21分18.36秒，东经127度46分3.57秒）是美国在远东最大的空军基地，主要驻扎部队是第18作战群（18WG），外加隶属第55作战群的第82侦察机中队（82RS，装备RC-135V/W侦察机），隶属空军特种作战司令部（AFSOC）的第353特种作战大队（353SOG），美国海军第7舰队警戒侦察部队（CTF-72）下辖的“冲绳空中巡逻大队”（CTG72.2）的P-3C反潜机和第1电子战中队（VQ-1）的EP-3侦察机也在嘉手纳，2014年还要部署崭新的P-8A反潜巡逻机。
美国空军第18作战群现有两个F-15C/D战斗机中队，即第44（44FS，绰号“吸血鬼”）、67（67FS，绰号“斗鸡”）中队，未来准备换装F-35A联合战斗机。此外，第18作战群还辖有第961空中指挥中队（961AACS，绰号“太平洋之眼”，装备两架E-3B/C预警机）、第909空中加油中队（909ARS，绰号“幼虎”，装备15架KC-135R加油机）和第33救援中队（33RQS，装备8架HH-60救援直升机）。美国空军第353特种作战大队辖有第1特种作战中队（1SOS，装备MC-130H特战运输机）和第17特种作战中队（17SOS，装备有MC-130P特战加油机），未来还将获编一个CV-22B“鱼鹰”运输机中队。嘉手纳北临美国陆军基地鸟居站，那里有美国陆军第1特种作战群（1SFG）的一个营，基于联合作战的要求，一旦美国空军装备CV-22B后，住在附近的美国陆军特战营就能“近水楼台先得月”，可以CV-22B展开特战训练。
冲绳还有近50处美军训练场或靶场。美国陆军名下的有宇流麻市浮原岛训练场（北纬26度18分4.09秒，东经127度59分30.68秒）和津坚岛训练场（北纬26度15分39.15秒，东经127度56分43.08秒），但这些地方多数时间由美军陆战队使用，可进行丛林战、两栖战、巷战等训练。美国空军管辖有几个岛，用来进行射击投弹训练，其中有岛尻郡久米岛町的久米岛靶场（北纬26度20分56.90秒，东经126度52分22.50秒）、鸟岛靶场（北纬26度35分40.30秒，东经126度49分51.28秒），岛尻郡渡名喜村的出砂岛靶场（北纬26度23分8.43秒，东经127度6分9.04秒）。美国海军也有一些用于舰炮射击的靶场，其中最有名的是岛尻郡南大东村的冲大东岛靶场（北纬24度28分4.50秒，东经131度11分19.65秒）。让人气愤的是，日本非法霸占的中国固有领土钓鱼岛（日本称“尖阁诸岛”）居然也存在美国海军靶场的身影，像黄尾屿（日本称“久场岛”）就被美日私相授受，划出面积不小的投弹靶场（北纬25度55分24.65秒，东经123度40分56.25秒）。
日本国内已传出新的声音，那就是位于冲绳考特尼兵营（北纬26度23分32.92秒，东经127度51分29.22秒）的美国海军陆战队第3远征军（IIIMEF）司令部搬到关岛后，嘉手纳以南的美军设施都要交给日本政府，如此一来，嘉手纳以南的美国海军陆战队第1航空联队（1MAW）司令部所在地瑞庆览兵营（北纬26度17分59.35秒，东经127度45分49.88秒）、桑江兵营（北纬26度18分58.92秒，东经127度45分47.53秒）、牧港补给区（北纬26度15分28.99秒，东经127度42分15.01秒）、那霸港湾设施（北纬26度12分29.62秒，东经 127度39分55.76秒）等都将“不保”。专家担心，美军故意让出嘉手纳以南的冲绳防务，将使得日本在钓鱼岛以及东海方向的军事冒险行为更加大胆，对东亚局势容易产生“不可控危机”。