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目的:采用蛋白质组学法探讨C57BL/6J小鼠下丘脑和海马组织中神经干细胞(NSCs)中蛋白质表达差异,阐明不同来源(区域)NSCs中蛋白表达谱不同的原因,为下丘脑和海马组织NSCs的基础研究和移植治疗提供参考.方法:提取出生24 h内C57BL/6J小鼠原代下丘脑和海马组织NSCs,经传代进行扩增和纯化.观察细胞形态表现,免疫荧光法检测NSCs中Nestin和Sox2的表达,采用串联质谱标签(TMT)蛋白质组学法分析下丘脑和海马组织NSCs中的差异表达蛋白质,对得到的差异蛋白质进行生物信息学分析.结果:形态表现检测,下丘脑和海马组织NSCs均表现出不透明和折光率高的典型神经球形态.免疫荧光检测,下丘脑和海马组织NSCs中Nestin和Sox2阳性表达率随培养代数增加而升高,在第4代达到98％以上,但下丘脑和海马组织NSCs比较差异无统计学意义(P>0.05).蛋白质组学分析,与海马组织比较,下丘脑组织NSCs中有6种蛋白表达水平明显升高(P<0.05和P<0.01),4种蛋白表达水平明显降低(P<0.05和P<0.01).基因本体(GO)分析,差异蛋白质主要参与包括突触传递中多巴胺摄取的负调控等8种生物过程、rRNA甲基转移酶活性等6类分子功能和高尔基体膜的组成部分等6种细胞组分.基因组百科全书(KEGG)通路分析,差异蛋白质主要参与包括囊泡运输中的SNARE相互作用等7条信号通路.结论:体外培养的原代C57BL/6J小鼠下丘脑和海马组织NSCs的形态表现和NSCs标志物表达无差异.某些特定蛋白质表达有差异,差异表达蛋白质主要在突触传递、囊泡转运和代谢等方面发挥作用,在不同区域NSCs的定分化倾向和功能特异性方面可能起重要作用.