政府机构改革的目标是提高政府行政效率，而全面绩效管理的目标是提高政府绩效。这两者之间是否有相互关系或联系呢？
　　政府机构改革是全面预算绩效管理的前提和基础，明确了政府和市场的界限，为全面预算绩效管理打下基础。
　　此次政府机构改革的目的就是要明确政府与市场职责范围，在资源配置中发挥市场的决定性作用和政府的作用，也就是要厘清市场与政府的界限，政府应该主要发挥弥补市场失灵的作用，主要在经济调节、市场监管、社会管理、公共服务等领域发挥主要作用。
　　政府机构改革可以初步解决全面预算绩效管理中的配置效率问题。
　　如全文图1和表1所示，在E点，分配给政府部门的社会资源边际效用等于分配给私人部门的社会资源边际效用，说明公共物品和私人物品间配置最优，这是最理想的状态。但由于社会生产的复杂性，公共产品和公共服务的社会性、间接性及难以货币计量等客观原因，很难准确测定政府配置社会总财富的边际效用和私人部门配置社会总财富的边际效用。因此，需要以机构改革这样的行政方式来明确和规范政府的界限，逐渐规范政府与市场的边界。
　　其次，运用同样的理论方法可以分析政府总预算在各个部门之间的配置是否是最有效的。理论上，可以通过计算政府各职能部门使用财政资金的边际效益来评价财政资金在政府各职能部门之间配置的有效性。但是由于政府各职能部门提供公共产品和公共服务的差异以及产出的社会性、间接性和难以货币计量等特点，所以只能采用绩效评价的方法。
　　全面预算绩效管理可以推动和指导政府机构改革。一方面，实施全面预算绩效管理，可以通过预算绩效目标的设定和动态监控、预算绩效的评价及其结果运用，对部门履行职能、职责进行客观的评估，推动部门职能、职责的有效履行以及部门职能的优化调整，促进和推动政府機构改革的进行。另一方面，进行政府机构改革、优化政府机构职能配置的目的之一就是要提高行政效率，效率是反映行政机构设置、职能配置是否为最优组合的标准之一。
　　政府机构改革和全面预算绩效管理都还处于不断探索和实践中，要融洽两者的关系，更好地推动政府机构改革和全面预算绩效管理，还需要从以下方面采取有效措施。
　　首先，在政府机构改革的实践中，必须坚持如下五个基本绩效原则：一是政企分开，转变职能;二是相互配套，整体推进;三是“软”与“硬”结合，机制创新;四是因地制宜，分类指导;五是积极试点，逐步推进。其次，在政府机构改革中我们要注重推进全面绩效管理改革，不断提高政府的行政效率。