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目的：对传统中药蛇床子基原植物及其近缘物种的ITS2条形码序列进行分析，探讨药用植物蛇床子的分子鉴定方法。方法：采用PCR技术扩增蛇床ITS2基因片段，进行双向测序，运用CodonCodeAligner拼接后，用MEGA5．0软件进行相关数据分析，构建NJ树。应用Schuhz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：蛇床与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异，基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将蛇床及其近缘物种区分开。结论：ITS2可有效地鉴别蛇床及其近缘物种。