【摘 要】
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目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别胃肠道间质瘤(GIST)发生及恶化进展过程中的潜在关键基因及信号通路.方法 首先,从GEO数据库下载GSE136755的GIST芯片数据.然后通
【机 构】
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广西医科大学附属武鸣医院检验科,广西 南宁南宁市第二人民医院,广西 南宁;广西中医药大学第一附属医院,广西 南宁;
【出 处】
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目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别胃肠道间质瘤(GIST)发生及恶化进展过程中的潜在关键基因及信号通路.方法 首先,从GEO数据库下载GSE136755的GIST芯片数据.然后通过WGCNA筛选出与GIST恶化进展相关的模块,并进一步取模块中相互关联最紧密的30个基因作为枢纽基因.同时,我们对此模块内的基因构建PPI网络,并筛选出Degree最大的前30个Hub基因.将枢纽基因和Hub基因的交集基因作为与GIST发生及恶化进展过程相关的潜在关键基因.最后,对筛选出来的潜在关键基因进行GO和KEGG信号通路富集分析.结果 通过构建WGCNA共表达网络,我们确定blue模块(含992个基因)为枢纽模块,blue模块内联系最紧密的前30个基因和Degree最大的前30个Hub基因被选取.两者的16个交集基因(潜在的关键基因)被筛选出来.这16个潜在的关键基因主要富集在与细胞分裂增殖相关过程等方面.结论 本研究通过构建WGCNA网络筛选出与GIST发生及恶化进展过程密切相关的16个潜在关键基因,这16个潜在的关键基因可能通过细胞分裂等相关通路来影响GIST发生及恶化过程.该挖掘信息有可能为后人继续GIST恶化进展过程研究提供新的研究思路.
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