农民合作经济组织是农村经济社会发展的重要制度动力和实现乡村振兴的重要载体。农民合作经济组织与乡村振兴具有相互促进、互助共赢的内在逻辑关系。在“三新”实践中，常出现因缺乏对“三新”思想理解从而使得农民合作经济组织建设效益不高、发展方向与方式不明确;资本逐利性使得农民合作经济组织发展出现偏离与异化;经营管理机制不健全、不合理使得农民合作经济组织发展能力不足等问题，致使农民合作经济组织在助力乡村振兴时陷入困境。为克服这些困境，农民合作经济组织应系统性引导乡村发展综合性产业，并将产业发展嵌入本地生态与乡土文化，创新经济增长点，倒逼乡村生态、文化价值观念重塑;以“三变”改革促进参与农民合作经济组织的农户成为利益共同体，建立内部化收益、成本、风险保障、考核、监督、激励发展机制，结合乡村非正式制度，有益于乡村产业顺利发展，生产生活有序进行，农民权益得到保障，更稳定、更多地分享收益;搭建与其他组织协作发展平台，实现城乡融合、要素互通，促进产业发展、乡村有效治理。