目的 分析济南市导致手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异.方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析.结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85％(312/652),远高于人肠道病毒A 组71 型(human enterovirus A 71,EV71)(7.06％,46/652)和柯萨奇病毒A 组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)(8.44％,55/652),为济南市HFMD最主要病原体.通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2％～100％和98.0％～100％,与2017年广东株(GenBank 登录号MG385796、MG385815)、广西株(GenBank 登录号MH018512)、云南株(GenBank登录号LC413143)及2014年江西株(GenBank登录号KY913482)等亲缘关系较近.VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致.结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型.