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通过利用超越对数生产函数的随机前沿模型，对我国54个高新区2007-2011年的数据进行考察，得出各高新区的创新效率，同时对其创新效率的影响因素进行分析。结论表明，我国高新区创新效率普遍偏低，资源配置不合理，并且我国东、中、西部高新区创新效率有显著差异，且高新区的企业规模、利润规模、劳动者素质及区位因素都对其创新效率有一定影响。