高校创新绩效的产出是成渝地区双城经济圈发展的有效动力，受产学合作、研发投入等因素的影响。通过收集2005—2018年重庆市和四川省有关研发投入、产学合作和创新绩效的指标数据。回归分析发现：首先，成渝地区双城经济圈的产学合作对高校创新绩效产生显著的正向作用；其次，成渝地区双城经济圈高校的研发投入在产学合作对创新绩效的影响中发挥中介效应，产学合作对高校研发投入产生显著的正向作用，高校研发投入对高校创新绩效产生显著的正向作用；最后，政府支持力度在高校产学合作影响研发投入中产生显著的正向调节用，而在研发投入影响创新绩效中产生微弱的正向作用。应深化成渝地区双城经济圈的产学合作进程，发挥高校、企业与政府间一体化的协同创新效应。适度增加高校研发投入，减少政府干预，激发高校科研创新活力。