南北共建园区是我省推动区域协调发展的有效載体，近年来取得很大成就，但目前也存在一些现实的困难和问题，严重制约了共建园区的可持续发展。
　　一、管理体制和发展理念双方难协调
　　在园区管理上，南北共建园区管委会作为所在地政府的派出机构，通过政府授权和委托形式来行使园区内的社会、经济和开发建设职能。但在运行中苏南派出单位、苏北当地政府之间极易产生有利的事情抢着管，不利的事情互相推诿，园区的精力过多使用在协调沟通上，降低了效率。在发展理念上，南北干部理念的分歧，导致园区各方的关系难以协调一致，苏北方强调发展速度和量化指标，而苏南方更注重园区的基础设施配套建设和项目的引进质量，双方发展理念的错位，增加了共建园区的发展难度。
　　二、园区利好政策的分享南北不对称
　　从整体上看，南北共建园区有利于苏北加快发展，苏北开展共建园区的积极性高涨，但现行的制度及利益分配机制还不足以激发苏南的积极性。从现实情况看，无论是在建中的园区，还是正在筹划兴建的园区，都不同程度地存在“南冷北热”现象。一个重要原因是，在现行政策中，对共建园区新增增值税、所得税省市县留成部分，全部由省市县财政补贴给共建园区，用于共建园区滚动发展。但从苏南的角度来看，政策并不能带来直接的利益。“南北共建”初期，苏南的扶持、财政的补贴都是必要的，但从长远看，必须建立互利共赢的发展模式。
　　三、苏北低成本优势弱化制约联动发展
　　长期以来，苏南发达地区土地、劳动力等生产要素成本普遍高于苏北，这也是南北共建园区的重要动力之一。但从近年的实践来看，苏北各地的土地、劳动力等生产要素成本快速上升，交通运输、产业配套、生态治理等运营成本不断提高，加之苏北产业配套能力相对不足，中间产品外购成本过高，降低了产品的竞争优势。总体而言，一方面苏北生产要素低成本优势在日益弱化，另一方面随着苏南产业布局调整和产业集聚效应的逐步形成，“夕阳产业”的寿命延长，产业转移的门槛提高，进一步制约了南北双方产业的联动发展。
　　四、土地要素制约共建园区发展壮大
　　随着国家对土地农转非使用的管制政策日益严厉，共建园区新增建设用地难度加大，工业项目用地日趋紧张。苏北经济发展起步晚，开发区建设进度慢，有些原本属于规划区内的耕地尚未及时审批转为建设用地，开发区实际可用土地资源非常有限。而有些刚启动新建的开发区，规划中部分建设用地涉及耕地，成片开发难以调整，土地要素制约已成为南北共建园区新的难题。
　　五、共建园区干部管理制度“两张皮”
　　苏南委派的干部实行聘任制管理，而苏北的干部仍然实行任命制，况且这种管理权限又没有授权共建园区，这就形成了干部管理制度的“两张皮”现象。一方面，共建园区主要管理岗位大多由苏南“输出”，相当于到苏北挂职锻炼两三年，派遣期满便走人。干部任用短期行为，造成干部工作热情、积极性、主动性不足。另一方面，苏北干部由于身份不明确，大部分干部关系还在原单位，未能完全融入园区；同时，由于园区没有建立完善的人事组织制度，苏北干部的任免、晋升机制缺乏，干部的工作热情、积极性、主动性也大受影响。