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ＰＣＲ中使用的耐热ＤＮＡ聚合酶会产生不同程度的ＤＮＡ复制错误，直接影响基因分析的方法设计、准确性及灵敏度。常用聚合酶的ＤＮＡ复制错误率依次为Ｐｆｕ〈ｄｅｅｐ Ｖｅｎｔ〈Ｔａｑ〈ＵｉＴｍａ，Ｐｆｕｅｘｏｒ，各聚合酶有不同的突变热点。对聚合酶忠实性起决定性作用的是聚合酶本身的结构特性，３’－５‘核酸外切酶校正读活性有利于聚合酶的忠实性，Ｍｇ２＋ｄＮＴＰｓ、ｐＨ等反应条件都会影响聚合酶的错误率。