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目的 研讨宏基因组学第二代测序在慢性子宫内膜炎(CE)患者微生物检测中的应用及后续对治愈率的影响.方法 选取2017年1月至2020年12月在该院生殖中心诊断为CE的不孕不育患者共139例作为研究对象,随机分为两组进行子宫内膜标本微生物培养和宏基因组学第二代测序检测,分析两组的微生物阳性率和CE治愈率.结果 组1微生物检测阳性患者17例,阳性率为20.00%;组2微生物检测阳性患者43例,阳性率为79.63%,差异有统计学意义(P<0.05);两组进行相应的抗菌药物治疗后,组2的治愈率显著高于组1,差异有统计学意义(P<0.05).结论 利用宏基因组二代测序的方法,能显著提高患者子宫内膜微生物检测的阳性率和CE患者的治愈率.