【摘 要】
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目的应用生物信息学软件分析结核分枝杆菌Rv0867c及其编码的复苏促进因子A(resuscitation-promoting factor A,Rpf A)的结构功能及抗原表位。方法从NCBI数据库获取Rv0867c的
【机 构】
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潍坊医学院医学检验学系; 潍坊医学院病原生物学教研室;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(No.81170080,81470001);潍坊医学院2011年科技创新前沿探索重点研究项目(No.K11TS1004)
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目的应用生物信息学软件分析结核分枝杆菌Rv0867c及其编码的复苏促进因子A(resuscitation-promoting factor A,Rpf A)的结构功能及抗原表位。方法从NCBI数据库获取Rv0867c的基因信息;应用ProParam预测Rpf A蛋白的理化性质;采用SignalP 4.0及TMHMM分析其信号肽及跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白的三级结构模型;利用ABCpred、BepiPred 1.0Server以及SYFPEITHI、NetMHCIIpan 3.1Server分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位。结果 Rpf A蛋白具有407个氨基酸残基,该蛋白N端存在信号肽序列,具有跨膜结构。二级结构中无规卷曲约占63.14%,结构疏松。三级结构同源建模与Rpf B具有高度相似的序列。Rv0867c具有潜在的B细胞抗原表位46-57、61-74、108-123、307-320及85-98等,T细胞抗原表位82-90、337-345、167-175、207-215及263-271等。结论生物信息学预测Rpf A具有良好的抗原表位,是诊断及治疗结核的潜在候选因子。
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