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科学评价农业生产技术效率是推动农业可持续发展、农业现代化建设的重要前提。三阶段DEA模型在测算农业生产技术效率时会面临样本规模异质性问题，进而带来调整误差。本文从农业生产技术效率的环境效应和运气差异两个角度出发．基于修正的三阶段DEA模型．改进投入冗余的测算方式，改进后的环境效益模型和运气差异模型所测算2000-2013年我国农业生产技术效率更加科学、稳健。在此基础上，本文进而提出提高农业科学技术效率的策略。