有机肥替代化肥是降低氮磷污染概率，减轻农业面源污染的有效途径。当前政府正全力开展有机肥推广行动以应对日益严峻的生态污染问题，但利益相关者间的利益冲突使政策难以发挥预期效力。为此，从肥料的生产和流通环节着手，构建包含政府、农用肥料生产企业、农户的演化博弈模型，从市场供需角度探究初始意愿、奖惩制度、成本和收益等因素对有机肥替代政策执行效率的影响，进而探索农业面源污染多元主体协同治理路径。结果表明：共有3组演化稳定的策略组合，分别为（宽松监管，不生产商品有机肥，不替代化肥）、（宽松监管，生产商品有机肥，替代化肥）和（严格监管，不生产商品有机肥，不替代化肥）。有机肥替代行为的获利能力是使结果稳定于（宽松监管，生产商品有机肥，替代化肥）的关键。肥料市场的供需平衡是博弈均衡的实质，其中企业的初始意愿对结果更具导向性。三方主体的决策过程具备利益导向特征，在财政支持范围内加大奖惩力度可提高企业与农户生产、施用商品有机肥的意愿，但过大的奖惩力度会加快政府宽松监管的决策速度。据此，建议政府以经济效益为宣传导向，通过强化环保宣传教育、合理制定经济政策、搭建技术合作平台等污染治理路径，构建起协同治理长效机制。