【目的】研究两种高效溶藻液中微生物组成及多样性。【方法】采集重庆蓝藻(Cyanophyta)爆发地区的环境水样,与铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)共培养,构建出高效稳定的两种溶藻液cq-a和cq-b。通过采用454焦磷酸测序技术对两种高效溶藻液菌群16SrRNA基因序列进行测序,并通过操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)聚类、多样性指数分析,对溶藻液菌群的组成及多样性进行分析。【结果】溶藻液cq-a和cq-b中菌群的总体结构相似:在门分类水平上,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻菌门(Cyanophyta)、放线菌门(Actinobacteria)和绿菌门(Chlorobi)在溶藻液中占优势;在属分类水平上,索氏菌属(Thauera)、红细菌属(Rhodobacter)、噬几丁质菌属(Chitinophaga)和微囊藻属(Microcystis)在两种溶藻液中均占优势,在cq-a中丰度为49.8%,15.4%,2.7%和8.4%,在cq-b中丰度为50.3%,9.2%,10.4%和9.1%。【结论】所构建的重庆地区高效溶藻液中菌群种类丰富、功能菌集中,它们通过抑藻杀藻,分解有机高分子化合物,降低水体营养元素含量,共同抑制藻类生长,表现出溶藻活性。