目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B、C亚型主要流行株在感染过程中基因变异的特点及其与选择压力的关系.方法应用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)对258例HIV-1感染者血样中的HIV-1外膜蛋白(env)基因进行扩增,并使用ABI 377型测序仪对扩增产物测序后,选择其中37份B亚型和35份C亚型HIV-1毒株env基因包括V3～V4区的序列进行比较分析,并计算和分析氨基酸同义替换与非同义替换的比值(Ks/Ka).结果 B亚型毒株V3～V4区的基因离散率高于C亚型毒株.无论B亚型,还是C亚型毒株,其V4区基因序列较V3区变异更大.在C亚型毒株中,V3区基因序列变异甚至比V3上游区和C3区小.B和C亚型毒株整个V3～V4基因区的Ks/Ka比值均＜1,差异有非常显著性(P<0.001),其中B亚型毒株以V3区的Ks/Ka比值最小,而C亚型毒株则以V4区的Ks/Ka比值最小.结论 B和C亚型毒株env基因的变异主要发生在V4区而不是V3区.C亚型毒株V3区较V3上游区和C3区还要保守,是本研究的特殊发现.这两种亚型在我国快速流行中发生的变异是在选择压力下发生的,而不是随机进化的结果,而且选择压力对这两种亚型毒株V3、V4区的作用程度也不一样.这将为我国艾滋病防治策略的制定和疫苗研究提供科学的依据.