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政府的准确定位在很大程度上决定区域（城市）的创新绩效，以政府为主导的“南京模式”展现了地方政府在创新系统中的定位，走出了一条创新驱动的城市持续发展的道路，对其他城市创新系统的建设具有一定的示范效应和借鉴意义。本文从创新系统的角度定位地方政府的职能，并以“南京模式”为例，运用因子分析法对18个市的技术创新能力进行城市间的比较分析，为地方政府进一步提高城市创新能力提出合理建议。