除哺乳动物（哺乳纲）、鸟类（鸟纲）外，在脊索动物门中还有爬行纲、两栖纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、圆口纲、文昌鱼纲等。由于缺乏“明星”物种，它们受到的关注度不高，很多物种的生存现状处于相当危急的境地。两栖动物我国特有种的近半数、爬行动物我国特有种的1/4以上都属于受威胁物种。在今年2月5日颁布的调整后的《国家重点保护野生动物名录》（以下简称《名录》）中，这些类群的国家一级重点保护野生动物（以下简称一级）和国家二级重点保护野生动物（以下简称二级）较原《名录》都有较大程度的新增，说明它们现在受到了更多的关注。

爬行纲

　　爬行纲的动物通称为爬行动物，新陈代谢水平比两栖动物有了很大的提高，成体的身体结构也更适于陆栖生活。它们在繁殖和幼体发育的过程中彻底摆脱了对外界水环境的依赖，因而是脊椎动物中真正的陆地征服者。
　　我国现生的爬行动物包括龟鳖目、有鳞目和鳄目3个目。
　　龟鳖目动物通称为龟鳖类，包括陆栖、淡水栖和在海洋中生活的物种。海洋中生活的龟的特点是四肢特化为桨状，头部不能缩入甲壳内，我国有海龟科的红海龟（原名蠵龟）、绿海龟、玳瑁和太平洋丽龟以及棱皮龟科的棱皮龟5种，主要分布于热带及亚热带海洋中。由于海龟的卵和肉可食，甲可制装饰品，所以人们常在其产卵场大肆捕杀，以致目前数量非常稀少。在原《名录》中它们均为二级，在新《名录》中则“集体”由二级提升为一级。
　　陆龟的特点是在躯体的背面和腹面均具有坚固的甲板，背甲略微上凸，腹甲较为扁平，背甲和腹甲以甲桥相连；头、颈、四肢和尾都可以缩入甲壳内；四肢略呈圆柱形，趾间无蹼。我国陆龟科只有3种，即四爪陆龟、凹甲陆龟和栖息于云南、广西等地的缅甸陆龟。在原《名录》中，四爪陆龟为一级，凹甲陆龟为二级。在新《名录》中，凹甲陆龟由二级提升为一级，缅甸陆龟也新增为一级。

　　在半水栖或水栖龟类中，原《名录》有地龟、三线闭壳龟和云南闭壳龟3种为二级，在新《名录》中，新增平胸龟、欧氏摄龟、黑颈乌龟、乌龟、花龟、黄喉拟水龟、眼斑水龟、四眼斑水龟以及闭壳龟属所有种为二级（除欧氏摄龟外均仅限野外种群）。新《名录》中之所以第一次使用“所有种”一词，是因为这个属在分类学上争议比较大，新种的出现屡见不鲜，目前大约有14种，几乎都在我国有分布。闭壳龟类为亚洲的特产动物类群，它们的四肢较平扁，趾间具蹼，背甲与腹甲除了两侧由甲桥连结身体成盒状之外，腹甲在胸盾以前的部分由于有能活动的韧带作用，可以自由闭合，头、尾和四肢都可缩入两甲中间，所以它们还有“亞洲盒龟”之称。其中在我国分布最广的是黄额闭壳龟、三线闭壳龟和黄缘闭壳龟，前2种见于华南地区，后者分布于长江中下游地区和东南各省。

　　鳖科都栖息于淡水中，身体扁平，吻端具管状的吻突，颈部较长，头颈可以完全缩入甲壳内，背甲与腹甲以韧带相连；体表被覆柔软的革质皮肤。在原《名录》中，鼋为一级，山瑞鳖为二级，新《名录》在此基础上（山瑞鳖仅限野外种群），又新增斑鳖为一级。斑鳖是极度濒危的物种。我国最后一只雌性斑鳖2019年4月13日在苏州动物园死亡后，目前全球仅存4只斑鳖：苏州动物园只剩一只雄性斑鳖，其他3只生活在越南。 　　有鳞目包括蜥蜴类和蛇类，是现生爬行动物中种类和数量最多、形态多样、适应广泛的一个成功的进化类群，包括各种壁虎、石龙子、草蜥、树蜥、飞蜥、蛇蜥、巨蜥……
　　蜥蜴类眼发达，眼睑可以活动，身体可分为头、颈、躯干、四肢及尾等部分，也有些种类四肢退化或只有后肢。在原《名录》中，仅有巨蜥和鳄蜥为一级，大壁虎为二级。由于长期以来对蜥蜴类的保护工作不够重视，使野生资源遭到严重的破坏，还经常发生走私、倒卖巨蜥等蜥蜴类的重大案件。因此，在新《名录》中，新增巨蜥科的孟加拉巨蜥和鬣蜥科的大耳沙蜥2种为一级，以及壁虎科（1种）、球趾虎科（2种）、睑虎科（10种）、鬣蜥科（10种）、蛇蜥科（3种）、石龙子科（1种）和双足蜥科（1种）共28种为二级。
　　巨蜥科物种体形较大，一般为60～90厘米，最大的可达两三米，是最大的蜥蜴类。以前我国仅有圆鼻巨蜥（原名巨蜥）1种。孟加拉巨蜥是仅在云南发现的我国爬行动物新记录物种，并新增为一级。
　　壁虎类为夜行性，主要以昆虫为食，大多栖息在荒野的岩石缝隙、石洞或树洞内，也有少数见于人类居室内外。新增为二级的黑疣大壁虎也是新记录物种，体长可达30多厘米，在我国分布于华南、西南地区。
　　在新增的二级中，球趾虎科的伊犁沙虎在我国见于新疆，为穴居地栖性蜥蜴，因此不具备可以用来攀爬的膨大脚趾。但在它们的脚趾周围布有无数硬毛，适合在松软的沙土上快速移动。

　　鬣蜥科的长鬣蜥也很有特点，具侧扁而狭长的鬣鳞，善爬树，多栖于老树、大树的树干上，在我国分布于广东、广西、云南等地。
　　与蜥蜴类相比，蛇类的保护工作更为薄弱。在原《名录》中仅有蟒为一级。不过，蟒蛇（原名蟒）现在因种群稳定、分布较广，在新《名录》中由一级调整为二级，成为仅有的3个“降级”物种之一。
　　由于大量猎捕和栖息地环境的破坏，蛇类的数量在人类的压力下逐年减少，如果没有更为有效的措施，更为不幸的命运在等待着它们。在新《名录》中，新增了大量的蛇类，其中蝰科的莽山烙铁头蛇以及游蛇科的西藏温泉蛇、香格里拉温泉蛇和四川温泉蛇4种为一级，还有蚺科（2种）、盲蛇科（1种）、筒蛇科（1种）、闪鳞蛇科（1种）、闪皮蛇科（1种）、游蛇科（5种）、瘰鳞蛇科（1种）、眼镜蛇科（17种）、蝰科（5种）为二级。
　　莽山烙铁头蛇是我国特有种，仅见于湖南莽山一带，野外数量不足500条。它是具有管牙的毒蛇，全长可达2米以上，头部为三角形，略大，有颊窝，看上去像是一块烙铁，并因此得名。温泉蛇也是我国特有的珍稀物种，在高原温泉附近的岩石洞穴、石堆及附近的小河、沼泽中活动，具有很高的学术价值。
　　蚺科包括蚺和沙蟒两大类，新增的2种为红沙蟒和东方沙蟒。这个科中有世界上最大的蛇类，但沙蟒中也有比较小的。它们无毒，善于使用缠绕窒息的方式来杀死猎物。

　　蝰科、眼鏡蛇科都是一些剧毒蛇类，其中新增的眼镜蛇科的17种中有16种为海蛇，如长吻海蛇、平颏海蛇、龟头海蛇、青环海蛇、海蝰等，主要以南海分布最多，东海、黄海次之。它们是适于海洋生活的爬行动物，全世界仅有几十种，在蛇类中所占比例很小，但却都是蛇类中少有的“冒险家”。不少种类都有一身斑斓美丽的体色，有的全身具一道道深色环纹，且背腹颜色不同；有的背部具暗色条纹；有的还有美丽的蓝色或黄色镶边。幼体颜色最鲜艳，随着年龄的增长，环纹和条纹的颜色逐渐变淡。眼镜蛇科新增的另外1种为著名的眼镜王蛇。它是世界上最长、最危险的蛇类之一，体长可达近4米。在我国见于西南、华南的山地森林或平原溪流附近的农田、林地中。
　　此外，在原《名录》中还有扬子鳄1种为一级，它是我国唯一的鳄目动物，也是我国爬行动物中的旗舰物种，在新《名录》中仍为一级不变。

两栖纲

　　两栖纲通称为两栖动物，是由水生生活的鱼类过渡到真正陆生生活的爬行动物之间的一个类群，是脊椎动物中最先征服陆地环境的先驱。与水生的鱼类相比，两栖动物已经具有一系列适应陆地生活的特征，但这种适应还不完善，特别是在很大程度上依赖皮肤呼吸的辅助，繁殖时进行体外受精、必须产卵于水中、胚胎要经过一个变态阶段才能发育为能在陆地生活的成体。因此，两栖动物还不能彻底摆脱对水环境的依赖，这也使它们成为水体环境的“晴雨表”。由于频繁的人类活动，特别是化学污染物使湿地生态环境的恶化日益加剧，两栖动物中的大多数种类已迅速成为濒危物种。