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我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项，其中致病菌一般指“肠道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌4种。此外，鉴于很多霉菌能够产生毒素，引起消费者食物中毒及其他疾病，故特定产品也应对产毒霉菌进行检验。
大肠菌群检测注意事项
方法选择
大肠菌群（Coliform bacteria）是指一群能发酵乳糖、产酸产气、需氧和兼性厌氧的革兰氏阴性无芽胞杆菌。该菌主要来源于人畜粪便，故以此作为粪便污染指标来评价食品的卫生质量，推断食品中是否有污染肠道致病菌的可能。大肠菌群分布较广，在温血动物粪便和自然界中广泛存在。调查研究表明，大肠菌群多存在于温血动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方。人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因之一，粪便中多以典型大肠杆菌为主，而外界环境中则大肠菌群的其他菌株较多。
大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法，其一是以100mL（g）检样内大肠菌群最大可能数（M P N）表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；其二以每g（mL）样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验 大肠菌群测定》虽然被后更新的方法代替，但卫生部关于规范食品中大肠菌群指标的检测工作公告（2009年 第16号）明确指出，为规范食品中大肠菌群指标的检测工作公告如下：现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“MPN/100克或MPN/100毫升”为单位的，适用《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》（GB/T 4789.3-2003）进行检测；以“MPN/克或MPN/毫升”、“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用《食品卫生微生物学检验大肠菌群计数》（GB/T 4789.3-2008）进行检测。后GB/T 4789.3-2008被GB 4789.3-2016替代，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。例如，GB/T 2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB 4789.3-2016。
MPN检索表使用
G B / T 4 7 8 9 . 3 - 2 0 0 3检索表中阳性管数是以1 m L（g）×3、0 . 1 m L（g）×3和0 . 0 1 m L（g）×3的梯度进行表示，G B 4 7 8 9 . 3 - 2 0 1 6阳性管数是以0 . 1 0、0 . 0 1和0 . 0 0 1的梯度表示，均按照稀释倍数推算结果，结果相同。推算方法以G B 4 7 8 9 . 3 - 2 0 1 6为例，改用1 g（m L）、0 . 1 g（m L）和0 . 0 1 g（m L）时，表内数字应相应降低1 0倍；如改用0 . 0 1 g（m L）、0 . 0 0 1 g（m L）和0 . 0 0 0 1 g（m L）时，则表内数字应相应增高1 0倍，其余类推即可。
菌落总数检测注意事项
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下（如培养基、培养温度和培养时间等）培养后，所得每克（或毫升）检样中形成的细菌菌落总数。菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计的相同微生物集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
经常有检测人员询问，10-1和10-2梯度计数平均值分别为51和58，且n=5数据中无异常值，为什么菌落总数测定是两个数量级的稀释平板计数菌落数一致？正常来说10-1和10-2两个稀释度的菌落计数应该相差10倍，因此会怀疑实验步骤及培养基试剂等问题，究其原因是样品微生物含量过高，培养基的营养成分只能满足50个左右菌落生长，且仔细观察菌群比正常菌群略大，并非单个菌群，解决办法是进行10-3和10-4稀释，进行计数检测，一般实验室为避免此问题发生会用4个稀释度同时检测。
菌落总数和致病菌有着本质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，但不能直接说明致病菌超标，要进一步进行致病菌检测。食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人體健康安全。
大肠菌群检测注意事项
方法选择
大肠菌群（Coliform bacteria）是指一群能发酵乳糖、产酸产气、需氧和兼性厌氧的革兰氏阴性无芽胞杆菌。该菌主要来源于人畜粪便，故以此作为粪便污染指标来评价食品的卫生质量，推断食品中是否有污染肠道致病菌的可能。大肠菌群分布较广，在温血动物粪便和自然界中广泛存在。调查研究表明，大肠菌群多存在于温血动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方。人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因之一，粪便中多以典型大肠杆菌为主，而外界环境中则大肠菌群的其他菌株较多。
大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法，其一是以100mL（g）检样内大肠菌群最大可能数（M P N）表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；其二以每g（mL）样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验 大肠菌群测定》虽然被后更新的方法代替，但卫生部关于规范食品中大肠菌群指标的检测工作公告（2009年 第16号）明确指出，为规范食品中大肠菌群指标的检测工作公告如下：现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“MPN/100克或MPN/100毫升”为单位的，适用《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》（GB/T 4789.3-2003）进行检测；以“MPN/克或MPN/毫升”、“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用《食品卫生微生物学检验大肠菌群计数》（GB/T 4789.3-2008）进行检测。后GB/T 4789.3-2008被GB 4789.3-2016替代，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。例如，GB/T 2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB 4789.3-2016。
MPN检索表使用
G B / T 4 7 8 9 . 3 - 2 0 0 3检索表中阳性管数是以1 m L（g）×3、0 . 1 m L（g）×3和0 . 0 1 m L（g）×3的梯度进行表示，G B 4 7 8 9 . 3 - 2 0 1 6阳性管数是以0 . 1 0、0 . 0 1和0 . 0 0 1的梯度表示，均按照稀释倍数推算结果，结果相同。推算方法以G B 4 7 8 9 . 3 - 2 0 1 6为例，改用1 g（m L）、0 . 1 g（m L）和0 . 0 1 g（m L）时，表内数字应相应降低1 0倍；如改用0 . 0 1 g（m L）、0 . 0 0 1 g（m L）和0 . 0 0 0 1 g（m L）时，则表内数字应相应增高1 0倍，其余类推即可。
菌落总数检测注意事项
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下（如培养基、培养温度和培养时间等）培养后，所得每克（或毫升）检样中形成的细菌菌落总数。菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计的相同微生物集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
经常有检测人员询问，10-1和10-2梯度计数平均值分别为51和58，且n=5数据中无异常值，为什么菌落总数测定是两个数量级的稀释平板计数菌落数一致？正常来说10-1和10-2两个稀释度的菌落计数应该相差10倍，因此会怀疑实验步骤及培养基试剂等问题，究其原因是样品微生物含量过高，培养基的营养成分只能满足50个左右菌落生长，且仔细观察菌群比正常菌群略大，并非单个菌群，解决办法是进行10-3和10-4稀释，进行计数检测，一般实验室为避免此问题发生会用4个稀释度同时检测。
菌落总数和致病菌有着本质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，但不能直接说明致病菌超标，要进一步进行致病菌检测。食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人體健康安全。