新型戊肝病毒ORF3和部分ORF1基因的序列分析

来源 :中国病毒学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wang8327501
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用RT PCR方法对 2例感染新型HEV的样品进行了检测 ,并对PCR产物进行了克隆及测序。检测结果显示用常规PCR检测易造成ORF3中GC丰富区的缺失 ,但在常规PCR反应液中加入GCmelt溶液可成功地扩增GC丰富区。序列分析显示T1和T11属于同一基因型 ,但不同于已报道的HEVI型、II型和III型 ,为一新的基因型。T1和T11与I型在该区的核苷酸同源性为 79%~ 82 % ;与II型的同源性为 80 %~ 81% ;和III型的同源性为 83%~ 85 % Two samples infected with novel HEV were detected by RT-PCR, and the PCR products were cloned and sequenced. The results of PCR showed that the deletion of GC rich region in ORF3 was easily detected by conventional PCR. However, GC-rich region could be successfully amplified by adding GCmelt solution to conventional PCR reaction. Sequence analysis showed that T1 and T11 belonged to the same genotype, but different from reported HEVI, II and III genotypes. The nucleotide homologies between T1 and T11 and type I in this region ranged from 79% to 82%, with type II from 80% to 81%, and from type III to 83% to 85%
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