红豆杉属基因的密码子偏性分析

来源 :湖北农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xgimi1985

【摘要】

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运用EMBOSS(The european molecular biology open software suite)软件包中的CHIPS(Condonheterozygosity in a protein coding sequence)和CUSP(Create a condon usage tab

【作者】

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刘宁姚元锋郭婧赵广荣

【机构】

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天津大学化工学院

【出处】

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湖北农业科学

【发表日期】

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2013年10期

【关键词】

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红豆杉属密码子偏性 CHIPS CUSP Taxus codon usage bias gere expression taxinol

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运用EMBOSS(The european molecular biology open software suite)软件包中的CHIPS(Condonheterozygosity in a protein coding sequence)和CUSP(Create a condon usage table)程序对红豆杉属的52个基因的密码子偏性进行综合分析,并与大肠杆菌、酵母、拟南芥和水稻的密码子偏性进行比较。结果表明,红豆杉属基因的Nc(有效密码子数)为45～58,大部分密码子使用频率较为一致。部分氨

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