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利用6对微卫星引物对当前长江、辽河、瓯江3个中华绒螯蟹天然群体以及莱茵河水系F2代群体共计80个个体进行群体遗传学研究.结果表明:4个中华绒螯蟹群体均具有较高的遗传多样性(其总体平均期望杂合度He为0.741 1).各群体在6个微卫星位点上的观察杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),其中长江群体、辽河群体、瓯江群体以及莱茵河F2代群体的平均观察杂合度分别为0.916 7、0.958 4、0.930 6、0.799 5,平均期望杂合度分别为0.749 6、0.741 6、0.758 5、0.714 9.瓯江群体的平均期望杂合度最高(平均He为0.758 5),莱茵河水系F2代群体最低(平均He为0.714 9),各群体间无显著性差异(P>0.05).本研究中各中华绒螯蟹群体在6个微卫星位点上的固定指数Fis多为负值,其中辽河群体的Fis最小(-0.348 5),莱茵河水系F2代群体的Fis最大(-0.166 9),提示本研究中各中华绒螯蟹群体内部存在着较为明显的远缘繁殖现象.本研究中各中华绒螯蟹群体间遗传距离介于0.068 8至0.174 3之间,其中长江群体与辽河群体间的遗传距离最小(0.068 8),瓯江群体与莱茵河水系F2代群体间的遗传距离最大(0.174 3).各群体间的平均基因流Nm均大于1,其中长江群体与辽河群体、莱茵河水系F2代群体间的Nm较大(分别为20.362 9和14.385 1),遗传分化指数Fst较小(分别为0.012 1和0.017 1).瓯江群体与莱茵河水系F2代群体间的基因流Nm最小(7.742 1),遗传分化指数Fst最大(0.031 3).聚类分析结果显示,长江群体与辽河群体首先聚为一支,然后与莱茵河水系F2代群体相聚,而瓯江群体单独聚为一支.AMOVA分析结果表明,各群体间的基因交流比较频繁(总体Nm为5.943),群体间的遗传分化较小(总体Fst为0.040 3),其中大部分遗传变异存在于群体内部(95.96%),存在于群体间的遗传变异较少(4.04%)(P<0.05),结果提示当前各水系中华绒螯蟹的种质混杂情况较为严重.