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旨在对广西玉林市某规模化猪场免疫猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV) AJ1102疫苗株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)二联弱毒活疫苗后,猪群发生的腹泻进行确诊.通过对发病猪群临床观察、腹泻死亡仔猪病理解剖、实验室RT-PCR检测和基因测序,最终诊断为PEDV变异株感染.对PEDV变异毒株的S基因进行了扩增测序与分析发现,该毒株与国内外参考毒株S基因核苷酸同源性为92.8％～ 99.5％,氨基酸同源性为91.8％ ～ 99.2％;遗传进化分析表明,该PEDV毒株属于G2-a型变异毒株;氨基酸序列比较结果显示,该PEDV变异株氨基酸在多个位点发生了变异,S蛋白在第807位与第827位疏水性氨基酸处出现了较大的变化,在抗原位点第800～813位氨基酸处发生了较为明显的变化.本研究通过该例猪流行性腹泻病毒变异株感染的临床诊断和S基因变异分析,为PEDV病原学研究以及科学防控该病提供参考依据.