【摘 要】
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目的:为进一步了解Rg3对映体的立体化学选择性,对PXR配体结合结构域(PXR ligand-binding domain,PXRLBD)中20(R/S)-Rg3的结合模式进行建模。方法:使用计算对接,分子动力学(mo
【机 构】
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华中科技大学同济医学院附属梨园医院; 华中科技大学同济医学院附属同济医院; 武汉理工大学;
【基金项目】
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2016年江苏省药学会奥赛康医院药学基金(编号:A201616)
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目的:为进一步了解Rg3对映体的立体化学选择性,对PXR配体结合结构域(PXR ligand-binding domain,PXRLBD)中20(R/S)-Rg3的结合模式进行建模。方法:使用计算对接,分子动力学(molecular dynamics,MD)和基本动力学分析(essential dynamics analysis,EDA)等技术手段进行建模。结果:PXR中20(S)-Rg3的MM/PB-SA估计结合能大于20(R)-Rg3。两种配合物的RMSFs表明,20(S)-Rg3结合的LBD的迁移率比20(R)型对映体的迁移率降低得多。EDA预测和两个复合物的叠加三维结构都表明20(S)-Rg3在PXR中的结合比20(R)-Rg3更可能与生物学结果一致。结论:以上结果表明,基于目前的模拟结果,PXR中20(S)-Rg3的结合模式比20(R)-Rg3更有可能与生物实验结果吻合。
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