【摘 要】
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目的:利用生物信息学方法筛选费城染色体阳性/费城染色体样急性T淋巴细胞白血病(Ph+/Ph-like T-ALL)核心基因,并分析其核心子网络,探讨Ph+/Ph-like T-ALL发生发展过程中的调
【机 构】
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重庆医科大学附属儿童医院血液肿瘤科;国家儿童健康与疾病临床医学研究中心,儿童发育疾病研究教育部重点实验室,儿科学重庆市重点实验室;国家儿童健康与疾病临床医学研究中心,儿童发育疾病研究教育部重点实验室,
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目的:利用生物信息学方法筛选费城染色体阳性/费城染色体样急性T淋巴细胞白血病(Ph+/Ph-like T-ALL)核心基因,并分析其核心子网络,探讨Ph+/Ph-like T-ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可能用于临床诊疗的分子靶点.方法:收集重庆医科大学附属儿童医院Ph+/Ph-like T-ALL患儿WES/RNA-seq检查结果,同时从GEO数据库中下载符合要求的基因数据,运用GRO2R在线差异表达基因筛选程序筛选差异性表达基因,并对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,同时使用STRING数据库,利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选出hub gene及核心子网络.结果:Ph+/Ph-like T-ALL共找出84个差异表达基因,Ph+ALL共找出249个差异表达基因,T-ALL共找出175个差异表达基因.综合GO功能富集、KEGG通路富集分析及蛋白相互作用网络结果,筛选出RPA1、POLD1、POLE、SOCS1为hub gene.DNA损伤修复及JAK/STAT信号转导通路为筛选到的主要功能子网络.结论:Ph+/Ph-like T-ALL患儿体内存在明显的DNA损伤修复通路异常,RPA1、POLD1、POLE可能是Ph+/Ph-like T-ALL发生、发展的重要相关生物标志,这可以为进一步研究提供依据.
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