基于TCGA数据库构建喉鳞状细胞癌免疫相关基因预后模型及筛选靶向分子药物

来源 :山东大学耳鼻喉眼学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cloudzhu429
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目的 基于综合生物信息学分析,构建喉鳞状细胞癌(LSCC)预后模型,并筛选出LSCC的靶向分子药物。方法从TCGA数据库下载123个LSCC和正常对照样本的基因表达矩阵及患者临床信息,进行综合生物信息学分析方法,包括加权基因共表达网络分析(WGCNA),预后相关的免疫基因(PI-genes)的鉴定,LSCC预后模型的构建及其差异基因分析、生存分析、风险分析、独立预后分析和ROC曲线绘制,以及LSCC潜在靶向药物的筛选。结果 对1352个免疫相关mRNAs(I-mRNAs)和各临床性状构建了加权基因共表达网络,找到了2个与LSCC患者生存状态最相关的模块(棕色和红色模块)。然后鉴定了26个PI-genes,构建了基于8个候选PI-genes(CPI-genes)(KC877982.1、AC017100.1、AATBC、LINC02031、ULBP1、SEMA6C、NRTN和CALCB)的LSCC预后模型。通过后续分析可知,该预后模型可预测高、低风险组患者的生存及风险预后,并验证了预后模型的独立预测能力及预测准确性。最后鉴定了5个LSCC的潜在靶向药物(Rilmenidine、Hycanthone、Anisomycin、Megestrol和AR-A014418)。结论 构建了基于8个CPI-genes 的LSCC预后模型,筛选了5个潜在的靶向分子药物,有望对LSCC的预后预测及精准治疗提供新思路。
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