科技三项费用是计划经济条件下由政府配置科技资源的体现,其实质是追求科技部门利益最大化。公共科技财政是公共财政支出的重要组成部分,体现的是公共科技支出效益原则。从活动范围、R&D活动模式、增长机制、投入方式、课题制实施、间接科技投入、投入的引导和示范作用、预决算管理、科技经费的收付方式、科技投入效率10个方面指出了科技三项费用投入模式和公共科技财政模式的区别。最后从明确分类标准、转变R&D投入模式、建立公共科技财政的稳定增长机制、改变政府科技经费投入方式、完善课题制核算、增加政府的间接科技投入、加强政府科技经费投入的引导和示范作用、完善预决算管理制度、完善国库集中收付制度、提高财政科技投入的效率等方面提出了加快我国由政府科技三项费用投入模式向公共科技财政模式路径转变的对策建议。