【摘 要】
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目的:通过生物信息学方法利用GEO(gene expression omnibus)和TCGA(The cancer genome atlas)数据库分析舌鳞状细胞癌(tongue squamous cell carcinoma,TSCC)发生、发展的相
【机 构】
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恩施土家族苗族自治州中心医院口腔诊疗中心;
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目的:通过生物信息学方法利用GEO(gene expression omnibus)和TCGA(The cancer genome atlas)数据库分析舌鳞状细胞癌(tongue squamous cell carcinoma,TSCC)发生、发展的相关分子标志物及其预后。方法:从NCBI(美国国立生物技术信息中心)的GEO数据库下载相关芯片数据(GSE78060),运用GEO2 R进行差异表达基因筛选,GO及KEGG对差异表达基因进行相关功能及通路富集分析,同时使用STRING及Cytoscape软件构建相互作用网络,筛选出核心基因(Hub gene),结合TCGA数据库附带的临床信息对Hub gene进行预后分析。结果:筛选出筛选出861个差异基因,其中上调342个,下调519个。GO、KEGG分析及蛋白相互作用网络筛选出现VEGFA、ITGA3、COL1 A1、COL17 A1为Hub gene。生存分析显示高表达VEGFA、ITGA3是预后的危险因素。结论:VEGFA、ITGA3可以作为TSCC发生、发展的相关生物标志物,与TSCC患者预后相关,为TSCC的进一步研究提供依据。
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