紫叶稻因其直观的颜色表型在水稻育种工作中具有一定的用途,常用作标记性状,受到遗传研究的关注。本研究利用籼稻紫叶材料PZ10分别于粳稻品种日本晴和Sasanishiki杂交,F1后代表现为绿色,F2代绿色和紫色的分离符合3:1比例,表明紫叶表型受一对隐性基因控制。对该基因进行初步的分子标记定位,发现目标基因位于第4染色体分子标记C3175和C0023之间的6.76 c M区域内;进一步设计SSR和STS引物对该基因精细定位,发现1个紧密连锁的标记C1254,该标记位于C3184与C0523之间;结果分析显示,C1254和C0523与目标的紫叶性状表现共分离,表明紫叶目标基因位于C1254~C0523区域,这个区域约0.5 c M遗传距离。研究显示,该紫叶性状表现为全生育期紫色,可作为一个完全的标记性状使用;紫稻表型株系在株高、穗长、剑叶长、千粒重、单株产量等农艺性状指标上与绿色表型植株没有显著差异,而在有效穗数、剑叶宽、每穗粒数性状与绿叶稻有显著差异,表明紫叶虽然导致产量构成因素有所改变,但对产量影响不显著;此外,紫稻和绿稻植株的光合作用没有显著的差异。