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宏基因组技术是一种不依赖微生物纯培养的新技术，利用该种技术可以更加真实、快速鉴定酱油曲发酵过程中全部微生物中的优势真菌菌株。该研究首次提取酱油曲中宏基因组，PCR扩增宏基因组18SrDNA片段，构建出含有18SrDNA的pentr3c质粒。经过对18SrDNA的测序结果表明，酱油曲中优势的真菌微生物为米曲霉。