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提升中小企业的自主创新能力有助于促进经济持续发展、增强国家核心竞争力。目前我国中小企业的自主创新能力既面临着文化观念、教育支撑、体制障碍等宏观环境的制约，也存在研发资金投入不足与低效、融资难、激励机制不足、人才短缺和服务机制不完善等微观制度的缺陷。文章认为，中小企业自主创新能力的提升是一个系统工程，并针对上述困境障碍提出了相应的对策建议。