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明确主要保护对象及保护区类型是开展自然保护区功能区划及制定保护区管理法规政策的主要依据。应用"3S"技术,调查了保护区内林地、草地、湿地、冰川等主要资源分布现状,认为祁连山自然保护区的主要保护对象应包括:(1)我国特有树种青海云杉Picea crassifolia和祁连圆柏Sabina przewalskii组成的典型森林生态系统;(2)保护区内分布的重点保护野生动植物;(3)组成祁连山水源涵养生态系统的草地、森林、湿地、冰川资源。根据保护区生态功能定位及《自然保护区类型与级别划分原则》(GB/T14529-93),认为甘肃祁连山国家级自然保护区类型应为"自然生态系统自然保护区"类和"野生生物类自然保护区"类相结合的复合类型自然保护区。