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城市污水中含有沙门氏菌、大肠杆菌和肠病毒等各种可引起传染病的微生物。虽然污水经二级处理后，水质已经改善，细菌含量也大幅度减少，但细菌的绝对数量仍很可观，并存在有病原菌的可能，必须在去除掉这些微生物以后，污水才可以安全地排入水体或循环再用，消毒是灭活这些致病生物体的基本方法之一。在经历2003年SARS以后，仅经二级处理的生活污水对城市水体造成的影响引起了人们对健康和安全问题的更多关注。