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推进形成主体功能区是我国"十一五"规划的重大创新。由于受经济、社会、区位、生态环境和国防安全等特定因素的制约,主体功能区建设对边疆地区发展既有积极的影响,也有不利的影响。因此需要加强部门之间的合作,协调主体功能区区域规划中的利益冲突,创建政绩考核与绩效评价体系,实现主体功能区分类管理的区域政策协同。