基于全长转录组数据的红葱内参基因筛选

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为系统筛选适合于红葱基因研究和分子调控机制分析的最佳内参基因,基于红葱全长转录组数据,参考其他植物已经报道的5类常用管家基因,筛选出红葱肌动蛋白基因(ACTIN)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、核糖体RNA基因(18S rRNA)、类似家族蛋白基因(TIP41)、多聚泛素酶基因(UBQ)等在内的10个候选内参基因序列。以红葱不同组织部位为实验材料,利用RT-qPCR技术分析检测10个候选内参基因的表达量,通过GeNorm、NormFinder、BestKeeper和Delta CT法分析候选内参基因在红葱不同组织部位的表达水平,综合4种程序评价分析结果,筛选出UBQ1 (Unigene0006851)作为红葱最佳稳定表达的内参基因,为后续红葱相关基因的时空表达分析研究提供理论基础。
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