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“实质等同性”是GM食品(Genetically Modified Food)安全性检测的基本原则，本文通过比较转基因水稻品系与其轮回亲本的种子蛋白质指纹图谱，从遗传和生化水平上鉴定转基因水稻种子与其轮回亲本间的等同性。结果表明，通过常规杂交转育手段将转基因导入水稻品种后，经过选育转基因稻米的可溶性蛋白质组分可与轮回亲本达成一致，仅个别组分的含量发生改变。并探讨了蛋白质指纹分析技术用于转基因育种安全性监控和GM食品实质等同性分析的可行性。